[发明专利]用于地中海贫血检测的探针、基因芯片及制备方法和应用

权利要求书

1.一种用于地中海贫血检测的探针的制备方法，其特征在于：包括根据不同地中海贫血基因、修饰基因和不同突变，构建捕获区间库；根据所述捕获区间库设计捕获探针，对所述捕获区间库进行高质量和高效率的捕获；

所述捕获区间库包括以下区域，

(a)alpha基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBA1、HBA2、HBZ、HBQ1、HS-40区域，和5’HVR、HVR、3’HVR，针对以上基因全长片段并将其向外延伸70bp作为目标捕获区域；

(b)beta基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBB、HBD、HBG1、HBG2、HBE1、LCRHS-1、LCR HS-2、LCR HS-3、LCR HS-4和LCR HS-5，针对以上基因全长片段并将其向外延伸70bp作为目标捕获区域；

(c)以已有记录的缺失型alpha地贫突变断点及缺失型beta地贫突变断点作为目标捕获区域；

(d)以已记录的缺失型alpha突变所涉及的最大的缺失范围为目标，在其范围内，每隔1kb选取1个SNP位点，所选SNP位点在dbSNP中记录的MAF在0.3-0.5之间，同时，所选SNP位点所在序列在基因组上无其它高度同源序列，以所选的SNP位点作为目标捕获区域；

(e)以地贫修饰基因上一系列的SNP位点为目标捕获区域，其中，地贫修饰基因包括BCL11A、HBS1L、MYB、KLF1、BCL11A和MYB-HBS1L intergenic。

2.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于：所述捕获探针的长度为50-120bp，捕获探针与杂交区域的变性温度为60-100℃；并且，对于杂交区域的GC含量高于0.6或低于0.3的捕获探针，乘数大于2；优选的，所述捕获探针的长度为75bp，捕获探针与杂交区域的变性温度为80℃。

3.根据权利要求1或2所述的制备方法获得的探针。

4.根据权利要求3所述的探针在制备用于地中海贫血基因突变检测的基因芯片、试剂盒或检测设备中的应用。

5.一种用于地中海贫血基因突变检测的基因芯片，其特征在于：所述基因芯片上固定有权利要求3所述的探针。

6.一种用于地中海贫血基因突变检测的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中含有权利要求3所述的探针，或者权利要求5所述的基因芯片。

7.一种地中海贫血基因突变的检测方法，其特征在于：包括采用Tn5转座酶对待测样品的基因组DNA进行文库构建，并采用权利要求3所述的探针或权利要求5所述的基因芯片对所构建的文库进行地中海贫血基因及其相关修饰基因、调控基因或区域进行富集，然后，对富集产物进行高通量测序。

8.根据权利要求7所述的检测方法，其特征在于：采用Tn5转座酶进行文库构建的接头序列包括Tn5MErev、Tn5ME-A和Tn5ME-B，Tn5MErev为Seq ID No.1所示序列，Tn5ME-A为SeqID No.2所示序列，Tn5ME-B为Seq ID No.3所示序列。

9.根据权利要求7所述的检测方法，其特征在于：高通量测序采用的索引序列为N5索引序列和N7索引序列，N5索引序列包括Seq ID No.4至Seq ID No.33所示序列，N7索引序列包括Seq ID No.34至Seq ID No.63所示序列。

10.根据权利要求7-9任一项所述的检测方法，其特征在于：还包括采用已知的地中海贫血基因突变对所有检测到的基因突变进行标注；对检测到的没有标注的基因突变，进行人群频率注释和功能预测。