[发明专利]一种MiT家族易位性肾细胞癌的新融合基因及其检测引物和应用

说明书

技术领域

本发明属于医学检验领域，涉及一种MiT家族易位性肾细胞癌的新融合基因及其检测引物和应用。

背景技术

2016年新版WHO肾脏肿瘤病理组织学分类新增了一种肾细胞癌类型：MiT家族易位性肾细胞癌。MiT家族是小眼畸形转录因子家族(microphthalmia-associated transcription factor family)的缩写，该家族成员包括MITF，TFE3、TFEB和TFEC基因。

目前已经发现的MiT家族易位性肾细胞癌包括Xp11.2易位/TFE3基因融合相关性肾细胞癌和t(6；11)(p21；q12)易位/TFEB基因融合相关性肾癌。MITF和TFEC基因易位的肿瘤在世界范围内暂无文献报道。

MiT家族易位性肾细胞癌致病机理清晰明确，MiT家族成员基因(TFE3/TFEB)的易位是其关键致病因素：这类肿瘤均涉及MiT家族成员基因同其它染色体易位及其所致形成融合基因，通过启动子变换从而高表达TFE3/TFEB融合蛋白，而TFE3/TFEB作为一个转录因子，通过与特异的DNA结构相结合，转录调控体内多种基因表达最终致病。目前至少有10种不同的易位伴侣和融合基因被报道，包括ASPL-TFE3、PRCC-TFE3、SFPQ-TFE3、NONO-TFE3、CLTC-TFE3、LUC7L3-TFE3、KHSRP-TFE3、PARP14-TFE3、DVL2-TFE3、RBM10-TFE3和MALAT1-TFEB等，每例肿瘤内仅存在单一的易位形式。

MiT家族易位性肾细胞癌是一罕见类型肿瘤，TFE3基因易位性肾癌约占所有肾细胞癌的1.6％-4％，TFEB基因易位性肾癌相对更加罕见。但该疾病以发病年龄轻为突出特征，占儿童肾细胞癌的40％，且造成极其沉重的家庭及社会负担。此外，有明确证据表明MiT家族易位性肾细胞癌的患者对血管内皮生长因子受体(vascular endothelial growth factor receptor，VEGFR)或哺乳动物雷帕霉素(mammalian target of rapamycin，mTOR)分子靶向治疗敏感。另有研究表明，MET酪氨酸激酶为ASPL-TFE3融合基因的靶基因，并有望成为TFE3易位性肿瘤的治疗靶点。因此，精确诊断此类肿瘤显得十分重要。

本发明团队通过高通量测序技术，在一例形态学符合MiT家族易位性肾细胞癌特征的病例中检测出PRCC-MITF融合基因，该融合基因型为首次发现，国内外均无报道，且这是国际首次发现MITF基因易位相关性肾细胞癌。

目前高通量测序是唯一可以明确未知易位位点的检测手段，然而高通量测序费用高昂，检测周期长，检测平台稀缺，对样品质量要求高，不利于普及推广，对于大多数患者来说也不是首选检测手段。依赖以往经验，针对已知的融合位点设计特异性的PCR引物组合，对肿瘤组织中提取出的RNA逆转录之后进行PCR扩增并测序，检测融合基因具体易位位点，是最准确、便捷、经济的方法。因此，发现新的致病融合位点，进而设计PCR引物将有利于MiT家族易位性肾细胞癌检测准确度的进一步提高。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术的上述不足，提供一种MiT家族易位性肾细胞癌的新融合基因。

本发明的另一目的是提供该新融合基因的检测引物。

本发明的又一目的是提供引物的应用。

本发明的目的可通过以下技术方案实现：

一种PRCC-MITF融合基因，由PRCC外显子5和MITF外显子4融合形成。MITF、PRCC基因序列来自GeneBank，序列版本号GRCh38.p7,PRCC transcript_id＝"XM_005245313.1",MITF transcript_id＝"NM_198159.2""。

所述的MiT家族易位性肾细胞癌的新融合基因优选包含SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列。

本发明所述的MiT家族易位性肾细胞癌的新融合基因在制备PRCC-MITF易位性肿瘤诊断试剂中的应用。

一种检测PRCC-MITF易位性肿瘤的PCR引物，为检测本发明所述的PRCC-MITF基因易位的PCR引物。所有能够检测本发明所述PRCC-MITF基因易位的引物对均在本发明的保护范围内。