[发明专利]用于幽门螺杆菌个体化基因检测的ARMS‑qPCR方法和试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域。更具体地，涉及一种幽门螺杆菌个体化基因检测的ARMS-qPCR方法和试剂盒。

背景技术

幽门螺杆菌(Helicobacter pylori，Hp)是一种微需氧的螺杆菌，HP感染与慢性活动性胃炎、消化性溃疡和胃癌等疾病密切相关。据报道，世界范围内有近一半人口被Hp感染，中国也属Hp高发区，平均感染率高达40％-80％。目前，影响Hp感染个体化根除治疗疗效的因素主要包括两方面：宿主和抗生素耐药性。宿主主要包括CYP2C19的基因多态性会明显影响质子泵抑制剂(proton pump inhibitors，PPI)代谢水平及抑酸效果，对Hp根除疗效产生影响；Hp抗生素耐药性主要以三联疗法中克拉霉素和左氧氟沙星的耐药为主，其中，与克拉霉素耐药性相关的点突变主要包括23S rRNA基因的A2142G和A2143G位点；gyrA基因的N87K、D91N/G/Y两个位点氨基酸置换是导致Hp耐左氧氟沙星的主要位点。

扩增阻碍突变系统(amplification refractory mutation system，ARMS)是Newton等首先建立用来检测已知突变的方法，该方法的设计的突变引物与待检测位点的3′端突变碱基匹配，用于特异性检测突变型。为了提高引物特异性，可在引物的3′端的第2个和第3个碱基引入一个或两个错配碱基以阻止野生型的延伸。

ARMS-qPCR技术基于Real-time PCR平台，结合ARMS突变富集和Taqman特异性荧光检测两种技术。利用ARMS引物对突变靶序列进行PCR扩增，Taqman探针对扩增产物进行特异性位点检测，在Real-time PCR基础上鉴定特定突变。

因此，需要提供一种有效检测幽门螺杆菌的ARMS-qPCR方法，实现高特异性、高灵敏性的检测。

发明内容

本发明的第一个目的在于提供一种用于幽门螺杆菌个体化基因检测的ARMS-qPCR引物组合。

本发明的第二个目的在于提供一种用于幽门螺杆菌个体化基因检测的ARMS-qPCR试剂或试剂盒。

本发明的第三个目的在于提供一种用于幽门螺杆菌个体化基因检测的ARMS-qPCR方法。

为达到上述目的，本发明采用下述技术方案：

一种用于幽门螺杆菌个体化基因检测的ARMS-qPCR引物组合物，所述ARMS-qPCR引物组合物包括引物组合A、引物组合B、引物组合C、引物组合D、引物组合E和引物组合F，如下述1)、2)、3)、4)、5)和6)所示：

1)引物组合A由上游引物*2、上游引物*3、上游引物*17、CYP2C19*2G引物、CYP2C19*3G引物、CYP2C19*17C引物、Taqman探针*2、Taqman探针*3、Taqman探针*17组成；

2)引物组合B由上游引物*2、上游引物*3、上游引物*17、CYP2C19*2A引物、CYP2C19*3A引物、CYP2C19*17T引物、Taqman探针*2、Taqman探针*3、Taqman探针*17组成；

3)引物组合C由上游引物-1、A2142G突变型引物、A2143G突变型引物、Taqman探针-1组成；

4)引物组合D由87K-1引物、87K-2引物、下游引物-1、Taqman探针-2组成；

5)引物组合E由91N引物、91G引物、91Y引物、下游引物-1、Taqman探针-2组成；

6)引物组合F由上游引物-2、下游引物-2和外控探针组成；

其中，

所述上游引物*2的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示；

所述CYP2C19*2G引物的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.2所示；

所述CYP2C19*2A引物的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.3所示；

所述Taqman探针*2的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.4所示；

所述上游引物*3的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.5所示；

所述CYP2C19*3G引物的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.6所示；

所述CYP2C19*3A引物的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.7所示；

所述Taqman探针*3的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.8所示；

所述上游引物*17的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.9所示；