[发明专利]与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用。本发明公开的与番茄果实颜色相关的分子标记名称为SlANT1‑InD，是下述A1)或A2)：A1)番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79‑82位为TTCT或不含TTCT；A2)番茄基因组中含有A1)特征的DNA片段。实验证明，本发明的番茄分子标记SlANT1‑InD与番茄果实颜色相关，可将其与atv基因位点的多态性(即atv基因位点为atv基因或其等位基因)联合在一起进行分子标记辅助育种培育紫色番茄果实，不仅可以在苗期就可完成果实颜色的鉴定，而且可以大规模地进行材料筛选，加快紫果番茄的选育进程，具有重要的应用价值和社会效益。

技术领域

本发明涉及生物技术领域中，与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用。

背景技术

番茄(Solanum lycopersicum)果实颜色丰富多彩，几乎每一种色泽都对应着不同的天然色素组成和含量，且大多数色素都具有抗氧化及清除自由基、抗突变和抗癌等功能。但是，人类自身不能合成这些天然色素，只能从食物中摄取。因此，番茄果实作为人类健康的一种重要膳食，一直受到人们的青睐，成为世界上消费最多的蔬菜之一。

花青素(Anthocyanins)是植物中普遍存在的一种天然色素，对于植物自身的生长、发育、抗逆等有着重要的作用，也是人类健康的重要膳食组分之一。但是，栽培番茄果实中几乎不含花青素，市场上所见到的紫色、棕色或黑色番茄大多数是由于成熟果实中番茄红素和叶绿素的并存造成的。而有一些野生番茄果实中能积累花青素，使得果实呈现紫色或紫黑色。经典遗传研究发现，野生番茄中存在多个与花青素积累相关的基因，如来自于智利番茄的Aft、来自于类番茄的Abg和来自于契斯曼尼番茄的atv等基因均可提高花青素的含量。Aft和Abg为显性基因，位于番茄的10号染色体上，这两个基因均可使番茄果实呈现一定的紫色，而atv为隐性基因，位于7号染色体上，主要使叶片和茎秆呈现紫色，在果实上没有明显的表型。

目前有两种方法可以使得番茄果实合成花青素。第一种是通过转基因将金鱼草或番茄中的基因AN2在栽培番茄中过表达，这种方法能够使得番茄的果实颜色呈现紫色，果实中花青素含量显著增加，但是由于涉及到转基因技术，培育新品种难度大，而且人们对转基因番茄的认可度还有一定的距离。第二种是常规育种方法，将野生番茄与栽培番茄杂交，再用栽培番茄经过多年回交选育也能得到紫色果实的番茄，但是这种常规选育方法需要借助于表型鉴定，而果实的颜色需要等到果实长大到一定时期才能看见，且不断的回交选育需要很长的时间，因此是一种费时费力的方法，在选育新品种时具有明显的局限性。

现代分子生物学技术的迅猛发展为开发分子标记提供了技术保障，也为分子标记辅助选择提供了工具。单核苷酸多态性(SNP)标记由于其在基因组中的遍在性及高通量检测手段的可行性而成为目前很多研究工作的首选标记，但是，检测设备和资金的缺乏使得大多数育种工作者难以应用这一类型的标记。相反，在基因组中存在频率仅次于SNP的插入缺失(InDel)多态性标记的检测方法则比较简单，使用成本低，且也可进行高通量检测，因而越来越受到重视。开发与紫果颜色相关的InDel标记，采用分子标记辅助选择技术在番茄育种将具有重要意义。

发明内容

本发明的目的是提供一个用于番茄果实颜色鉴定的InDel分子标记SlANT1-InD，SlANT1-InD可用于番茄果实颜色育种。

本发明首先提供了下述1)或2)的应用：

1)名称为SlANT1-InD的番茄分子标记或其多态性在鉴定或辅助鉴定番茄果实颜色中的应用；

所述SlANT1-InD为下述A1)或A2)：

A1)番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79-82位为TTCT或不含TTCT；

A2)番茄基因组中含有A1)特征的DNA片段；