[发明专利]一种玉米耐低磷相关的Indel标记及应用

说明书

本发明公开了一种玉米耐低磷相关的Indel标记及应用，该Indel标记位于玉米的第一条染色体ZmPHR1基因的1395bp位置，等位基因为TCTGT的缺失。该Indel标记通过如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的引物对进行检测。本发明还公开了一种检测玉米耐低磷相关基因ZmPHR1的方法，用上述的引物对进行PCR扩增待检测玉米基因组DNA，如果能够扩增出缺失TCTGT片段，则说明该待检玉米存在耐低磷相关基因ZmPHR1基因。本发明在ZmPHR1序列1395bp位置处插入TCTGT的等位基因型被视作优异/增效等位基因型，此基因型玉米材料在低磷胁迫下的根系表型相对更好。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体地说，涉及一种玉米耐低磷相关的Indel标记及应用。

背景技术

功能分子标记(functional markers)是基于目的基因基序中功能性核酸多态性位点开发而成的一类新型分子标记。关联分析方法依赖于基因组中等位基因单倍型的非随机性为基础的连锁不平衡，该方法可用于鉴定表型相关的基因和基因内部的功能基序。以一些相互间无亲缘关系的种质资源，纯系品种或者自交系为材料，针对候选基因区段进行序列多样性分析，结合生物材料的表型数据，采用统计学的方法，从而检验表型变异与候选基因序列多样性之间的关联，也是一种检验候选基因表型功能的途径(Whitt S R,BucklerE S.Using natural allelic diversity to evaluate gene function[J].PlantFunctional Genomics,2003:123-139；Wilson L M,Whitt S R,A M,etal.Dissection of maize kernel composition and starch production by candidategene association[J].The Plant Cell,2004,16(10):2719-2733.)。若二者之间存在显著关联，则来源于该位点的可检验该序列的多样性的分子标记，即成为相应的功能标记。此方法可充分利用自然进化和人工进化过程中所积累的遗传重组，从而高分率地检验现存物种中候选基因的遗传多样性与表型变异之间的关系，最终识别功能性的多态性及互作(Bao JS,Corke H,Sun M.Nucleotide diversity in starch synthase IIa and validation ofsingle nucleotide polymorphisms in relation to starch gelatinizationtemperature and other physicochemical properties in rice(Oryza sativa L.)[J].Theoretical and Applied Genetics,2006,113(7):1171-1183.)，进而获得功能标记。关联分析提供了统计学上的间接证据，故被称为间接类型的功能标记。

发明内容

有鉴于此，本发明提供了一种玉米耐低磷相关的Indel标记及应用，利用RIL(Recombinant Inbred Lines,重组自交系)群体ZmPHR1基因的分离，和该RIL群体的表型变异数据，推测一个InDel标记(insertion-deletion插入缺失标记)的遗传效应。

为了解决上述技术问题，本发明公开了一种玉米耐低磷相关的Indel标记，该Indel标记位于玉米的第一条染色体ZmPHR1基因的1395bp位置，等位基因为TCTGT的缺失。

本发明还公开了一种上述的Indel标记在玉米育种中的应用。

本发明还公开了一种上述的Indel标记在提高玉米根尖数中的应用。

本发明还公开了一种检测上述的Indel标记的引物对，

上游引物：TGTTGTGGGAGGCAGTT，如SEQ ID NO.1所示；

下游引物：CCTAAGAGCCCTACGAAAT，如SEQ ID NO.2所示。