[发明专利]异常组织中单样本体细胞突变位点检测方法、装置和存储介质

权利要求书

1.一种异常组织中单样本体细胞突变位点检测方法，其特征在于，包括如下步骤：

获取异常样本和模拟的正常样本的有效测序序列；

在所述有效测序序列中，对所述异常样本与所述模拟的正常样本不一致的碱基，根据突变碱基频率判断所述异常样本和所述模拟的正常样本的碱基型，然后用Fisher精确检验碱基型的差异，根据所述差异判断突变类型；和

通过对所述突变类型过滤去除假阳性变异和生殖细胞突变，得到高可信度的体细胞突变位点；

其中，所述过滤去除生殖细胞突变包括：

过滤去除常见生殖细胞突变；和

根据纯度和拷贝数信息矫正突变频率以过滤去除生殖细胞突变，其包括：

按照如下突变碱基频率的计算公式：

，

其中，AF表示突变碱基频率，p表示异常纯度，C表示异常拷贝数，M表示突变位点的拷贝数，

若g值等于0或接近于0，则认为是体细胞突变；

若g值等于1或接近于1，则认为是生殖细胞突变；

若g值介于0到1之间，则认为无法判断是体细胞突变还是生殖细胞突变；以及

若g值小于0，则认为是亚克隆体细胞突变。

2.根据权利要求1所述的单样本体细胞突变位点检测方法，其特征在于，所述获取异常样本和模拟的正常样本的有效测序序列之前，还包括将所述异常样本和模拟的正常样本的测序序列分别比对至参考基因组进行数据预处理的步骤，所述数据预处理包括如下至少一项：

过滤掉非目标物种基因组序列和测序重复序列；

过滤掉序列比对质量值小于预设值的序列；

保留重叠区域内两条成对序列中质量值较高的序列；和

过滤掉截断比对的序列、错配碱基富集的序列和比对有空隙的序列。

3.根据权利要求2所述的单样本体细胞突变位点检测方法，其特征在于，所述预设值是1。

4.根据权利要求1所述的单样本体细胞突变位点检测方法，其特征在于，所述根据突变碱基频率判断所述异常样本和所述模拟的正常样本的碱基型包括：

分别对所述异常样本和所述模拟的正常样本，选择测序位点深度均大于最低深度阈值的位点，若突变碱基频率大于频率阈值，则可认为在此位点有该碱基。

5.根据权利要求4所述的单样本体细胞突变位点检测方法，其特征在于，所述最低深度阈值是10×。

6.根据权利要求4所述的单样本体细胞突变位点检测方法，其特征在于，所述频率阈值是2%。

7.根据权利要求4所述的单样本体细胞突变位点检测方法，其特征在于，所述根据所述差异判断突变类型包括：

若所述模拟的正常样本中无变异碱基而所述异常样本中有变异碱基，且差异检验p值小于0.05，则认为是体细胞突变；

若所述模拟的正常样本和所述异常样本中都有变异碱基，且两者的差异检验p值大于0.05，则认为是生殖细胞突变；以及

若所述模拟的正常样本中有变异碱基而所述异常样本中没有变异碱基，且差异检验p值小于0.05，则认为是杂合性缺失突变。

8.根据权利要求1所述的单样本体细胞突变位点检测方法，其特征在于，所述过滤去除假阳性变异包括过滤去除如下至少一项：

碱基质量值低于预设值；

所在序列比对质量值低于预设值；

突变位置集中在序列末端；

突变具有链偏向性；

突变周围覆盖深度低于预设值；和突变周围有插入缺失富集。