[发明专利]基于甲基化数据的癌症类型的预测方法及装置有效
| 申请号： | 201710785909.6 | 申请日： | 2017-09-04 |
| 公开（公告）号： | CN107506600B | 公开（公告）日： | 2021-05-14 |
| 发明（设计）人： | 杨飞;任一;陈昌岳;郑冠涛;王芳;李静;路远 | 申请（专利权）人： | 上海美吉生物医药科技有限公司 |
| 主分类号： | G16H50/20 | 分类号： | G16H50/20;G16B20/30;G16B40/00;G16B30/00 |
| 代理公司： | 上海光华专利事务所(普通合伙) 31219 | 代理人： | 徐秋平 |
| 地址： | 201321 上海市浦东新区中国(上海)*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 基于 甲基化 数据 癌症 类型 预测 方法 装置 | ||
1.一种基于甲基化数据的癌症类型的预测方法，其特征在于，包括：
从DNA甲基化芯片检测到的DNA序列的甲基化位点数据中随机选取与待测样本已获知的甲基化位点相对应的部分位点的数据作为训练数据来训练分类器模型；其中，作为训练数据的甲基化位点数据所代表的癌症种类为已知；
通过训练好的分类器模型预测未知癌症种类的DNA甲基化芯片数据代表的癌症种类，或预测单细胞或多细胞的甲基化测序数据代表的癌症种类。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述训练数据还包括：预先捕获的单细胞或多细胞的甲基化位点的数据。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述分类器模型包括：随机森林模型、和/或支持向量机模型。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述甲基化位点数据是从公共数据库中获取的DNA甲基化芯片检测得到的数据。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述甲基化位点数据还包括：预先积累得到的测序数据。
6.一种基于甲基化数据的癌症类型的预测装置，其特征在于，包括：
模型建立单元，用于从DNA甲基化芯片检测得到的DNA序列样本的甲基化位点数据中随机选取与待测样本已获知的甲基化位点相对应的部分位点的数据作为训练数据来训练分类器模型；其中，作为训练数据的甲基化位点数据所代表的癌症种类为已知；
癌种预测单元，用于通过训练好的分类器模型预测未知癌症种类的DNA甲基化芯片数据代表的癌症种类，或预测单细胞或多细胞的甲基化测序数据代表的癌症种类。
7.根据权利要求6所述的装置，其特征在于，所述训练数据还包括：预先捕获的单细胞或多细胞的甲基化位点的数据。
8.根据权利要求6所述的装置，其特征在于，所述分类器模型包括：随机森林模型、和/或支持向量机模型。
9.根据权利要求6所述的装置，其特征在于，所述甲基化位点数据是从公共数据库中获取的DNA甲基化芯片检测得到的数据。
10.根据权利要求9所述的装置，其特征在于，所述甲基化位点数据还包括：预先积累得到的测序数据。
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