[发明专利]一种土荆芥微卫星分子标记及其制备方法和应用

说明书

本发明公开了一种土荆芥微卫星分子标记及其制备方法和应用，属于DNA分子标记技术领域，其通过基因组扫描技术从土荆芥基因组DNA中分离微卫星分子标记，根据每一个微卫星分子标记位点两端的侧翼序列设计该分子标记的特异性引物，对来自不同种群的土荆芥个体进行PCR扩增并检测扩增结果的稳定性和多态性，获得了12个有效的微卫星分子标记。本发明开发出有效的多态性土荆芥分子标记，建立了制备土荆芥微卫星分子标记的方法，并且可利用这些分子标记进行土荆芥遗传多样性分析、亲缘关系以及适应性进化的研究等。

技术领域

本发明属于DNA分子标记技术领域，特别涉及一种土荆芥微卫星分子标记及其制备方法和应用。

背景

土荆芥(Chenopodium ambrosioides L.)，原产于热带美洲,为多年生草本植物，现广布于世界热带及温带地区。其中我国广西、广东、福建、台湾、江苏、浙江、江西、湖南、四川等省有野生，喜生于村旁、路边、河岸等处，北方各省常有栽培。土荆芥不仅除湿，杀虫，止痒，能用于治疗蛔虫病，钩虫病，蛲虫病，而且外用还有治皮肤湿疹，瘙痒，杀蛆虫等药用价值，更为重要的是可以在重金属污染的地方很好的生存，并且可以富集大量的重金属，特别是重金属锰和铅，可用于重金属污染土壤修复，已受到广泛研究者的关注和研究。由于土荆芥不仅具有药用价值，还具有生态价值，有关土荆芥的研究也越来越受到重视，目前已有相关学者从土荆芥对铅、锰的耐性特征、积累和分布特征以及吸收和解毒积累等方面进行的探讨，但有关分子生物学、种群遗传多样性以及种群适应性进化的分子机制等方面的研究非常少。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术尚未开发土荆芥微卫星标记的现状，利用限制性酶切位点相关的DNA基因组扫描技术开发出土荆芥微卫星分子标记并获得对应的引物，建立一种制备土荆芥微卫星分子标记的方法，为进行土荆芥遗传多样性、植物遗传图谱的构建、基因定位、数量性状基因的分析、进化与亲缘关系等方面的研究提供分子标记。

为实现上述目的，本发明采用的技术方案为：一种土荆芥微卫星分子标记，其特征在于：微卫星分子标记编号分别为：CHAM-7、CHAM-33、CHAM-46、CHAM-53、CHAM-64、CHAM-65、CHAM-66、CHAM-72、CHAM-80、CHAM-81、CHAM-94、CHAM-96，核苷酸序列分别为SEQ.ID.No.1-12所示。

前述的的土荆芥微卫星分子标记，CHAM-7、CHAM-33、CHAM-46、CHAM-53、CHAM-64、CHAM-65、CHAM-66、CHAM-72、CHAM-80、CHAM-81、CHAM-94、CHAM-96的引物序列如下：

CHAM-7的正向引物序列：5’-GACAGCCTTGAGAGGAGATGG-3’；

CHAM-7的反向引物序列：5’-TCCATTTACATTCGCAACTGCA-3’；

CHAM-33的正向引物序列：5’-ATGGGCCTGACCAACTCAAG-3’；

CHAM-33的反向引物序列：5’-AGAGAAACTATTCTGCAGCCA-3’；

CHAM-46的正向引物序列：5’-ACCTACCTAGTTCCATTGCACA-3’；

CHAM-46的反向引物序列：5’-TGGTTTCCTCCATGTATCCCA-3’；

CHAM-53的正向引物序列：5’-TGGTGGGACTTTGAGTTGCT-3’；

CHAM-53的反向引物序列：5’-AGACTCCCATCCAACTTCATGT-3’；

CHAM-64的正向引物序列：5’-TTTTCTCCTCTTCGCACCCC-3’；