[发明专利]与黄瓜黄白色果皮紧密连锁的两个InDel标记及应用

说明书

本发明公开了一种与黄瓜黄白色果皮紧密连锁的两个InDel标记，两个InDel标记分别为Chr3InDel‑fs01和Chr3InDel‑fs02，所述Chr3InDel‑fs01的核苷酸序列为TGTCTTATCCTATAGA，所述Chr3InDel‑fs02的核苷酸序列为CGAGAGA。本发明还公开了所述的InDel标记在黄瓜黄白色果皮分子标记辅助育种中的应用。具体方法是：(1)对F₂群体每个株系利用所得分子标记进行基因型鉴定。(2)利用上述(1)中F₂群体基因型鉴定结果，根据鉴定结果，对单株进行分类，并对表型结果进行鉴定和验证。本发明的InDel分子标记变异稳定，检测简易清晰，不需要酶切，实验成本低廉，提高了黄瓜果皮颜色育种的效率，加快黄瓜果皮颜色育种进程。

技术领域

本发明属于基因工程及分子生物学领域，具体涉及与黄瓜黄白色黄瓜基因紧密连锁的InDel标记。

背景技术

黄瓜(Cucumis sativusL.)是葫芦科黄瓜属植物，起源于温暖湿润的喜马拉雅山南麓热带雨林地区。黄瓜是我国主要蔬菜作物之一，在我国栽培面积最大、种植范围最广。随着人们生活品质的提高，人们对商品品质的要求也越来越高，尤其是其外观品质。黄瓜果皮颜色、果长、果把长等是影响黄瓜商品性的重要性状。品质育种已经成为黄瓜育种的重点之一，研究黄瓜嫩果果皮颜色的遗传规律及分子标记具有重要的现实意义。

近年来，黄瓜遗传图谱的构建和重要经济性状基因遗传定位的研究取得了显著进展，已经获得黄瓜抗白粉病、果长、果把长和果肉厚度等性状的连锁分子标记。关于黄瓜果皮颜色相关的研究报道只是简要阐述黄瓜果皮颜色的遗传规律，Strong等(1931)认为皮色暗绿色由D基因控制，暗绿色为显性，顾兴芳等(2005)认为黄瓜嫩果果皮深绿色对绿色果皮的遗传受单一基因Dg控制，深绿色为显性，绿色dg为隐性。对于黄瓜黄白色果皮基因的定位研究相对薄弱，尚未有InDel标记用于黄瓜嫩果皮颜色辅助选择育种的研究报道。因此开发与黄瓜嫩果皮颜色基因相关的标记具有非常重要的生物学意义。

发明内容

针对以上问题，本发明通过在亲本和混池间筛选多态性分子标记，根据两个亲本间重测序的结果制备与黄瓜果皮颜色相关的InDel标记，并设计引物，在黄瓜果皮颜色育种中进行运用，从而加速黄白色果皮黄瓜品种选育进程。同时，这两个InDel标记也为黄瓜黄白色果皮基因的克隆及创新种质、选育黄白色果皮黄瓜新品种奠定了基础。为实现上述目的，本发明采用的技术方案如下：

与黄瓜黄白色果皮紧密连锁的两个InDel标记，两个InDel标记分别为Chr3InDel-fs01和Chr3InDel-fs02，所述Chr3InDel-fs01的核苷酸序列为TGTCTTATCCTATAGA，所述Chr3InDel-fs02的核苷酸序列为CGAGAGA。

一对用于检测权利要求1所述的两个InDel标记的引物，包括Chr3InDel-fs01的上游引物5′-ATAAGAGTAAATTTGCATTCG-3′和反向引物5′-CAATATGTAATGCTTCTTATGA-3′；Chr3InDel-fs02的正向引物5′-TGTTATGTTGCCTCAAAGAC-3′和反向引物5′-CAGCGAGTGAATGAGGTAAG-3′。

一种权利要求1所述的InDel分子标记的筛选方法，步骤如下：

(1)对六个世代群体的单株进行果皮颜色表型鉴定；

(2)利用SSR分子标记技术，采用集群分析法来进行与黄瓜果皮绿色基因连锁的分子标记的研究，完成对果皮颜色的初步定位；

(3)结合两个亲本的重测序，在初步定位的候选区域开发InDel标记，并设计对应的InDel引物；

(4)利用对应的InDel引物，筛选在亲本以及混池间有多态性的引物，利用多态性引物对F₂群体进行基因型鉴定；