[发明专利]一种用于鉴定甜瓜果肉颜色的SNP标记引物及分子标记方法

说明书

本发明公开了一种用于鉴定甜瓜果肉颜色的SNP标记引物及分子标记方法，本发明获得的分子标记及其特异性引物，在不同果肉颜色的甜瓜材料中可以对橘色果肉甜瓜材料进行很好的区分。

技术领域

本发明属于生物技术领域，尤其涉及一种用于鉴定甜瓜果肉颜色的SNP标记引物及分子标记方法。

背景技术

甜瓜(Cucumis melo L.)为一年生葫芦科(Cucurbitaceae)黄瓜属(Cucumis)作物，其果实不仅色香味俱全，还具有很高的营养价值，是一种世界性的瓜果。甜瓜果肉颜色主要分为橘色、绿色和白色，橘色果肉甜瓜因其比绿色果肉及白色果肉甜瓜的颜色更加诱人，受到消费者的偏爱。培育合适果肉颜色的甜瓜品种，特别是橘色果肉的甜瓜品种，是当前甜瓜遗传育种的重要目标之一。

甜瓜果肉颜色由叶绿素和类胡萝卜素共同决定，类胡萝卜素，特别是β-胡萝卜素是决定甜瓜果肉颜色的关键色素。β-胡萝卜素广泛存在于新鲜蔬菜和水果中，丰富的β-胡萝卜素可以缓解维生素A缺乏引起的各种病症，并具有预防癌症、心脑血管疾病和眼部疾病的功效，还能抗氧化和预防衰老。甜瓜果肉颜色分别由gf(决定果肉绿色)、wf(决定果肉白色)两个等位基因决定，Gf决定橘色果肉，同时对gf和wf呈显性上位效应。Galil Tzuri(2015,ThePlant Journal,Vol 82:267-279)在甜瓜中发现一个可以增加果肉β-胡萝卜素含量的基因CmOr，是甜瓜中的gf位点，为控制甜瓜果肉颜色的关键因子，含有正常功能CmOr基因的甜瓜表现为橘色的果肉，含有突变形式CmOr基因的甜瓜表现为绿色或白色果肉。

当前对于橘色果肉甜瓜的选育，一般还采用传统方法，即鉴定育种材料成熟时的果实颜色，具有费时、费力、周期长等缺点。分子标记辅助育种直接从DNA水平对性状进行选择，是传统育种技术的有力补充，具有省时、省力、不受环境影响等优点。SNP(Singlenucleotide polymorphism)分子标记为第三代分子标记，具有数量多、遗传稳定等优点，基于CAPS(Cleaved amplified polymorphic sequence,酶切扩增多态性序列标记技术)的SNP分子标记检测方法，主要是针对PCR扩增的含有SNP位点的DNA片段进行限制性酶切分析，检测SNP位点的多态性，具有准确、成本低、快速等特点，是SNP分子标记分析的重要方法之一。

开发合适的SNP分子标记，用于选育橘色果肉的甜瓜品种或品系，能够降低育种成本，加快育种进程，具有重要的实际应用价值。

发明内容

对于橘色果肉甜瓜的选育，育种材料成熟期的果实颜色进行鉴定的传统方法具有费时、费力、易受环境影响等缺点，为了克服现有技术中的这些缺点，本发明提供了一种用于鉴定甜瓜果肉颜色的专用引物及分子标记方法。

本发明是通过以下技术方案实现的：

一种用于鉴定甜瓜果肉颜色的SNP标记引物，其特征是所述引物为如序列表中SEQID NO.1所示，从5’端到3’端的第1-25位的单链DNA序列的正向引物TTG GAG CAC TTG TTTCAC TTC CAG G；和如序列表中SEQ ID NO.2所示，从5’端到3’端的第1-30位单链DNA序列的反向引物AGT TCA TGA GAA TAG TCC GTA CTA CTA CGC。

利用本发明的分子标记专用引物，以待检测材料的基因组DNA为模板，通过PCR扩增获得分子标记，通过测序可得到：

果肉为橘色的甜瓜材料的分子标记大小为739bp的PCR产物，如序列表中SEQ IDNO.3所示，从5’端到3’端的单链DNA序列为：