[发明专利]一种基于ARM处理器的玉米lncRNA筛选分类方法

权利要求书

1.一种基于ARM处理器的玉米lncRNA筛选分类方法，其特征在于，包括如下步骤：

步骤一、将玉米全长cDNA序列输入CPLD，其通过编码关联表将cDNA序列以编码的形式存储于SRAM中；

步骤二、筛选长度大于200的cDNA序列，对cDNA进行开放阅读框预测并确定阈值，确定长度小于所述阈值的cDNA，其与已知蛋白作同源比对，对不同源部分进行保留，对已有植物lncRNA作二级结构预测，提取二级结构特征，同时对剩余序列作二级结构预测，保留满足结构特征的部分，将待筛选的cDNA序列与小RNA序列进行比对，排除小RNA前体；

步骤三、收集已知功能的玉米lncRNA序列，并进行结构预测，对功能lncRNA进行结构特征提取并筛选，构建已知功能玉米lncRNA结构特征集，将所述步骤二筛选出的玉米lncRNA进行二级结构提取，比对所述结构特征集，对所述lncRNA功能确认分类；

在所述步骤二中，对lncRNA二级结构预测包括如下步骤：

基于转录时间顺序的lncRNA分段，各段结构形成阶段划分，为形成的螺旋区进行打分，根据分值差判断最迫切形成的螺旋区，通过动态规划算法获得以螺旋区为单位的二级结构，确定最优结构形成预测的lncRNA二级结构；

在所述步骤三中，对所述玉米lncRNA序列分类还包括如下步骤：收集已知某一功能所提取的典型特征与确定未有此功能的玉米lncRNA；使用SVM建模方法，对模型训练并评估；筛选评估排名位于前3名的特征，作为某一功能的特征集。

2.如权利要求1所述的基于ARM处理器的玉米lncRNA筛选分类方法，其特征在于，在所述步骤二中，对所述开放阅读框预测包括如下步骤：预测已有lncRNA与编码RNA的开放阅读框，依据开放阅读框长短区分编码和非编码，设定开放阅读框长度合理阈值并筛选出小于此阈值的序列。

3.如权利要求1或2所述的基于ARM处理器的玉米lncRNA筛选分类方法，其特征在于，在所述步骤二中，所述小RNA包括miRNA、shRNA、siRNA。

4.如权利要求3所述的基于ARM处理器的玉米lncRNA筛选分类方法，其特征在于，在所述步骤二中，待筛选的序列与所述小RNA序列通过blast算法进行比对。

5.如权利要求4所述的基于ARM处理器的玉米lncRNA筛选分类方法，其特征在于，所述lncRNA分段长度为160nt，每段与前后分段重叠80nt。