[发明专利]与谷子颖壳颜色性状紧密连锁的分子标记、引物及应用

说明书

本发明属于分子生物学技术领域，具体公开了一种与谷子颖壳颜色性状紧密连锁的分子标记，所述分子标记为MRI325，位于谷子第7条染色体17265937bp至17288536bp区间内。本发明还公开了上述分子标记的扩增引物以及应用。本发明公开的分子标记可以对谷子颖壳颜色进行良好分型，可以用于谷子颖壳颜色性状的分子标记辅助育种，对于加快谷子品种的遗传选育和改良进程具有重要的理论和实践指导意义。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种与谷子颖壳颜色性状紧密连锁的分子标记、引物及应用。

背景技术

我国是谷子的原产地和世界上栽培面积最大、产量最高的国家，产量约占全世界总量的80％。同时，我国也是谷子遗传资源数量最多、多样性最丰富的国家，谷子在国内外享有米中营养之王的美誉，被列为保健食品。谷子籽粒主要由颖壳和颖果两部分构成，颖壳和种皮的颜色是谷子品种的标志性状，其颜色构成主要是类黄酮类物质。而类黄酮类物质具有抗氧化性功能，对人类在食品加工和医疗保健中的重要性也愈来愈明显。因此发掘谷子颖壳颜色基因对深入认识谷子的营养价值具有重要意义。

InDel(insertion-deletion)，插入缺失标记，指在近缘种或同一物种不同个体之间基因组同一位点的序列发生了不同大小核苷酸片段的插入或缺失，即一个序列上某一位点相比同源的另一个序列插入或缺失了一个或多个碱基。InDel标记基于PCR扩增技术，本质上属于长度多态性标记。InDel标记因其稳定性好、多态性高、分型系统简单，开始应用于动植物群体遗传分析、分子辅助育种等领域。

因此，开展谷子性状InDel标记的开发，利用与某些功能基因或QTL间的连锁关系，可以将功能基因或QTL定位在染色体上，并建立辅助选育体系，对于提高谷子品质，节约育种成本具有重要意义。然而现有技术并未发现基于上述技术的与谷子颖壳颜色性状紧密连锁的分子标记。

发明内容

本发明提供的一种与谷子颖壳颜色性状紧密连锁的分子标记、引物及应用，可准确判定谷子材料的颖壳颜色性状，可以对谷子颖壳颜色进行良好分型。

本发明的第一个目的是提供一种与谷子颖壳颜色性状紧密连锁的分子标记，所述分子标记为MRI325，位于谷子第7条染色体17265937bp至17288536bp区间内。

本发明的第二个目的是提供一种获得上述与谷子颖壳颜色性状紧密连锁的分子标记的引物，MRI325的引物为MRI325F和MRI325R，其中引物序列如下：

MRI325F：5’-ACCCTGGTAAACTCATGCCT-3’

MRI325R：5’-TGGGTTTGGAGCATCAGGAT-3’。

本发明的第三个目的是提供一种应用上述与谷子颖壳颜色性状紧密连锁的分子标记鉴定谷子颖壳颜色的方法，包括以下步骤：

S1，提取待检测谷子材料的基因组DNA；

S2，PCR扩增：

a.反应体系：10μL体系，各组分物质的含量分别为:1μL基因组DNA、0.5μL上游引物、0.5μL下游引物、1μL 10×Buffer、0.8μL dNTPs、0.1μL Taq酶、ddH₂O 6.1μL，混匀；

其中，上游引物为MRI325F、下游引物为MRI325R；

b.PCR反应程序：

94℃预变性5min；94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸40s，运行35个循环；最后72℃延伸10min；

S3，电泳

扩增后的产物进行8％聚丙烯酰胺凝胶，120V电压，电泳1.5h。

S4，结果判定