[发明专利]凝胶模式化的表面

说明书

本申请涉及凝胶模式化的表面。提供了一种阵列，所述阵列包括具有表面的固体支撑体，所述表面具有多个孔，所述孔含有凝胶材料，所述孔被表面上的空隙区彼此分开，所述空隙区将所述孔的每一个中的凝胶材料与其他多个孔中的凝胶材料分离；和所述凝胶材料中的靶标核酸的文库，其中所述孔的每一个中的凝胶材料包含所述文库的靶标核酸的单一物质。还提供了用于制备和使用阵列的方法。

本申请是申请日为2014年02月21日，申请号201480007014.4，发明名称为“凝胶模式化的表面”的申请的分案申请。

相关申请的交叉引用

本申请要求2013年2月26日提交的美国临时申请号61/769,289和2013年3月6日提交的美国申请号13/787,396的权益。以上申请的每一个在此通过引用以其整体被并入。

背景

本公开内容一般涉及固相分析化学并且对用于高通量基因组分析的核酸阵列具有特定的适用性。

将人类遗传变异编目和将此变异与对疾病的敏感性相关联的任务坚持从基因组广泛测序方法学的发展中获益。此编目尝试为鉴定每一个人的基因组中的标志物带来希望，其将有助于医学专业人士确定该人对疾病的敏感性、对例如处方药物的特定治疗的响应性、对危险药物副作用的敏感性和其他医学上可操作的特征。编目尝试正在顺利进行中。这很大程度上是由于商业上可得的基因组测序方法学，该方法学是足够具有成本有效的以允许在研究环境中测试被评价的受试者。需要测序方法学的改进以加速编目尝试。此外，测序的相对高成本阻止了技术超越研究中心并进入诊所，其中医生可以获得一般人群中患者的序列。

测序方法学和用于实施其的系统利用复杂的技术集合。这些技术的一些中的改进已经显示提供大幅度成本降低。然而，难以预测哪些(如果有的话)对成本降低改进负有责任。考虑到测序系统中的技术之间的依赖性，甚至更加难以预测哪些可以被修改而对方法学或系统的整体性能没有不利影响。因此，对鉴定可以给诊所带来基因组研究的希望的改进存在需要，在诊所中生命可以被改善并且在许多情况下被拯救。本发明满足这种需要并且也提供相关优势。

概述

本公开内容提供了一种阵列，所述阵列包括具有表面的固体支撑体，所述表面具有多个孔，所述孔含有凝胶材料，所述孔被所述表面上的空隙区彼此分开，所述空隙区将所述孔的每一个中的凝胶材料与其他多个孔中的凝胶材料分离；和所述凝胶材料中的靶标核酸的文库，其中所述孔的每一个中的凝胶材料包含所述文库的靶标核酸的单一物质(species)。

在一些实施方案中，基底被配置为孔的阵列并且分析物是核酸。相应地，本公开内容提供了一种阵列，所述阵列包括具有表面的固体支撑体，所述表面具有多个孔，所述孔含有凝胶材料，所述孔被所述表面上的空隙区彼此分开，所述空隙区将所述孔的每一个中的凝胶材料与其他多个孔中的凝胶材料分离；和所述凝胶材料中的靶标核酸的文库，其中所述孔的每一个中的凝胶材料包含所述文库的靶标核酸的单一物质。

本公开内容还提供了制备基底的方法。所述方法可包括以下步骤：(a)提供具有平面表面的固体支撑体，其中所述平面表面被一个或更多个凹特征中断并且其中所述平面表面上的一个或更多个空隙区形成所述一个或更多个凹特征的边界；(b)用凝胶材料包被至少一部分固体支撑体，其中所述部分包括至少一个凹特征和至少一个空隙区；以及(c)抛光所述平面表面以从所述至少一个空隙区移除所述凝胶材料并且维持所述凝胶材料在至少一个凹特征中。