[发明专利]多肽鉴定的自步长学习方法在审

专利信息
申请号: 201710903787.6 申请日: 2017-09-29
公开(公告)号: CN107657282A 公开(公告)日: 2018-02-02
发明(设计)人: 梁锡军;王永响;渐令;宋允全 申请(专利权)人: 中国石油大学(华东)
主分类号: G06K9/62 分类号: G06K9/62
代理公司: 暂无信息 代理人: 暂无信息
地址: 266580 山东省青岛市*** 国省代码: 山东;37
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摘要:
搜索关键词: 多肽 鉴定 步长 学习方法
【权利要求书】:

1.一种多肽鉴定的自步长学习方法,其特征在于,包括以下步骤:

步骤1.数据预处理;

步骤2.求解如下形式的半监督学习模型:

minβ,θF(β,θ)=βTKβ+c1Σi∈Ω-θi·{max(0,1-yiKiTβ)}2+c2Σi∈Ω+θi·{max(0,1-yiKiTβ)}2+λ·Σi=1Nθis.t.θi=1,i∈Ω-,0≤θi≤1,i∈Ω+---(1)]]>

其中,训练样本为xi∈Rd为数据库搜索引擎输出的多肽谱匹配,yi∈{-1,+1},诱骗PSM标签为“-1”,目标PSM标签为“+1”,Ω-={i|yi=-1},Ω+={i|yi=+1},β∈RN,θ=[θ1,...,θN]T∈RN是模型待求解的决策变量,θi∈[0,1]表征第i个样本标签的置信度,c1>0,c2>0,λ>0为模型参数,核矩阵Kij=k(xi,xj),k(·,·)为预先选取的核函数,Kj表示矩阵K的第j列;

步骤3.依据训练得出的分类器鉴定正确的多肽谱匹配。

2.如权利要求1所述的一种多肽鉴定的自步长学习方法,其特征在于,半监督学习模型(1)采用如下自步长学习方法求解:

步1.初始化:置β0=[0,...,0]T0=[1,...,1]T0=0,置k=0;

步2.调用标准的非线性规划算法,以(βkk)为算法初始点,置λ=λk,求解半监督学习模型(1),求解出的最优解置为(βk+1k+1);

步3.置λk+1=λk+μ,k←k+1,转步2,直至满足终止准则;

步4.输出β*←βk*←θk

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