[发明专利]粗基质中的核酸的检测

说明书

本申请是中国发明专利申请，申请号：201080042456.4，题目：粗基质中的核酸的检测的分案申请。

相关申请案交叉参考

本申请案主张于2009年9月25日提出申请的美国专利公开案第61/245,758号的优先权，所述案件的全部内容以引用方式并入本文中。

技术领域

本揭示内容涉及通过扩增方法检测粗基质中的核酸。

背景技术

等温扩增方法能够使核酸靶标在几分钟内以特异性方式从痕量水平扩增到极高且可检测水平。所述等温方法(例如重组酶聚合酶扩增(RPA))可使基于核酸的诊断的应用扩大到例如重点照护测试与现场和消费者测试(field and consumer testing)等新兴领域。所述技术的等温和宽温度范围可允许用户避免使用复杂的需求电力的仪器。

发明内容

本发明至少部分是基于以下发现：可不进行核酸提取和/或纯化在粗基质中检测各种病原性有机体。使用粗基质不进行核酸提取和/或纯化可为上述等温核酸扩增方法的优点增加简单试样制备的优点。在一些情形下，简单处理(例如碱裂解或裂解酶处理)对于检测即足够。在一些其它情形下，可以高敏感性检测有机体的靶核酸序列，而无利用常规裂解溶液预处理试样的任何需要。相反，使试样与等温扩增反应接触可足够以高敏感性检测有机体。

在一个方面中，本揭示内容的特征在于包括以下的方法：使粗基质与靶核酸物质的等温核酸扩增反应的组份接触，由此提供混合物；在足以进行等温核酸扩增反应的条件下培育所述混合物，由此提供产物；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。

在另一方面中，本揭示内容的特征在于包括以下的方法：使粗基质与靶核酸物质的核酸扩增反应的组份接触，由此提供混合物；将所述混合物在低于95℃(例如，低于90℃、低于85℃、低于80℃、低于75℃、低于70℃、低于65℃、低于60℃、低于55℃、低于50℃、低于45℃或低于40℃)的温度下维持足以进行核酸扩增反应的时间，由此提供产物；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。

在另一方面中，本揭示内容的特征在于包括以下的方法：使粗基质与靶核酸物质的核酸扩增反应的组份接触，由此提供混合物；将所述混合物的摄氏温标温度改变小于30％(例如，小于25％、小于20％、小于15％、小于10％或小于5％)或小于20℃(例如，小于15℃、小于10℃、小于5℃、小于2℃或小于1℃)达足以进行核酸扩增反应的时间，由此提供产物；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。

在另一方面中，本揭示内容的特征在于包括以下的方法：实施混合物的等温反应以提供产物，所述混合物包含粗基质和靶核酸物质的核酸扩增反应的组份；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。

在另一方面中，本揭示内容的特征在于包括以下的方法：使混合物在最高80℃(例如，最高75℃、最高70℃、最高65℃、最高60℃、最高55℃、最高50℃、最高45℃或最高40℃)的温度下反应以提供产物，所述混合物包含粗基质和靶核酸物质的核酸扩增反应的组份；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。

在另一方面中，本揭示内容的特征在于包括以下的方法：使混合物反应，同时将混合物的摄氏温标温度改变至多30％(例如，至多25％、至多20％、至多15％、至多10％或至多5％)或至多20℃(例如，至多15℃、至多10℃、至多5℃、至多2℃或至多1℃)以提供产物，所述混合物包含粗基质和靶核酸物质的核酸扩增反应的组份；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。

在上述方面的一些实施例中，粗基质包括生物试样，例如血液、尿、唾液、痰、淋巴、血浆、精液、肺吸出物和脑脊液中的至少一者。在一些实施例中，生物试样包括至少一种选自由以下组成的群组的试样：咽拭子、鼻拭子、阴道拭子或直肠拭子。在一些实施例中，生物试样包含活检试样。

在上述方面的一些实施例中，粗基质未经受裂解处理。

在上述方面的一些实施例中，粗基质未用离液剂、洗涤剂或裂解酶制剂处理。

在上述方面的一些实施例中，粗基质未经受高温(例如，80℃或更高、85℃或更高、90℃或更高或95℃或更高)热处理步骤。

在上述方面的一些实施例中，粗基质未经受裂解处理且靶核酸物质是葡萄球菌(例如，金黄色葡萄球菌或耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌(MRSA))核酸。