[发明专利]一种与鸡肌肉发育相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明提供一种与鸡肌肉发育相关的SNP分子标记及其应用。所述的SNP位点位于鸡泛素连接酶F‑box蛋白32(Atrogin‑1)基因上，该基因第四内含子中的chr2:143,708,896bp(galGal3)位点从红色原鸡到商业化的AA肉鸡发生了G到A的突变，影响转录因子结合，从而抑制Atrogin‑1基因在AA肉鸡中的表达，进而促进肌肉发育。本发明的SNP分子标记可用于选育肌肉快速发育的鸡种，在chr2:143,708,896基因型为A则为肌肉快速发育的鸡种。本发明还建立了一种通过转录组测序高效筛选数量性状功能基因的方法，为畜禽数量性状研究提供了新的依据。

技术领域

本发明涉及分子遗传学领域，特别是涉及与鸡肌肉相关的分子标记，具体地，涉及与鸡肌肉发育相关的SNP分子标记、其应用以及检测该分子标记的方法。

背景技术

鸡不仅在全世界广泛饲养，具有重要经济价值，在生命科学研究中也极有意义，是一种重要的模式生物。鸡与哺乳动物在3.1亿年前拥有共同的祖先。鸡属于恒温脊椎动物，其生物学特征在许多方面与哺乳动物相同，但是由于进化上的差异，鸡作为鸟类较哺乳动物又有许多其它特性，对于研究生命的基础以及进化历程有着不可替代的作用。与其它物种相比较，鸡的基因组序列噪音少，利于检测功能原件。总体来说，鸡的基因组研究在比较基因组学，进化生物学以及系统发生学中都有重要的意义。鸡作为模式生物在研究进化，人类疾病以及农业养殖等方面有重要的意义。

长期的进化及人工选择使商业化的肉鸡品系与野鸡相比无论从生理、形态及运动等方面都表现出显著的差异。肉鸡品系生长速度快、运动性差，而野鸡体型较小、运动力强。肉鸡养殖业在最近100年以来经过高强度选择，形成了体积大生长速度快的商业化肉鸡品系。普通地方鸡生长速度约为原鸡的6-8倍，而商业肉鸡又进一步高了5-10 倍，约140日龄体重可以达到1.2kg-1.5kg，优良肉鸡35日龄体重可达 1.8kg-2.0kg。鸡肉作为当今社会最主要的食物之一，每年的消费量都在不断的上涨。因此对于控制禽类生长的功能基因定位研究一直是科学家关注的焦点。农业动物功能基因定位的研究对人类社会的发展有着重要的意义。在农业产业化方面，农业动物经济性状多为数量性状，如生长、肉质、繁殖力及抗病力等。根据已经发现并验证的遗传突变进行选种，与传统的根据表型育种的方法相比，产量发生了质的改变。

随着后基因组时代的到来，以及测序技术的不断发展，对于畜禽的经济性状功能基因定位已经成为了动物育种专家关注的热点。长期的人工选择使家养动物积累了丰富的影响表型的功能突变，其中不乏一些调控生长发育、繁殖以及抗病相关的基因，对这些功能突变及基因的研究为更好的进行动物遗传育种供了依据。解析重要经济性状包括多个层面的技术，一种是基于DNA水平，寻找核苷酸变异与表型相关的途径，包括QTL(Quantitivetrait locus)遗传连锁定位、GWAS (Genome-wide association study)、外显子测序、基因组重测序；另一种是直接研究转录组差异的技术途径，包括基因表达芯片、RNA-seq、单细胞转录组等，这种方法的延伸还包括蛋白组学的技术。结合上述测序技术对农业动物基因组进行解析，可以掌握更全面的遗传信息，进一步为功能基因定位及动物育种供依据。

作为肌肉特异表达的E3泛素连接酶，三结构域蛋白63(tripartite motif-containing 63,Trim63，MuRF1)和F-box蛋白32(F-box protein 32,Fbxo32，Atrogin-1)调控了绝大多数肌浆蛋白和肌肉生长调控因子的降解。Atrogin-1和MuRF1于2001年被发现在几乎所有的肌肉萎缩模型中都有明显的上调，最终表现为肌肉蛋白质减少，肌纤维变细。这两个基因的表达对于肌肉发育及蛋白代谢有重要的调控作用。有研究表明，Atrogin-1和MuRF1的小鼠敲除模型表现出显著的抗肌肉萎缩的能力。

发明内容

本发明的第一个目的在于提供与鸡肌肉发育相关的Atrogin-1基因SNP分子标记。

本发明的第二个目的是提供检测该SNP分子标记的方法。