[发明专利]茄子品种DNA指纹图谱及其建立方法和应用

权利要求书

1.一种茄子品种DNA指纹图谱的建立方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1、茄子基因组DNA的提取

采用CTAB微量法提取茄子基因组DNA并纯化；

S2、SSR引物扩增与筛选

用获得的高纯度茄子DNA为模版，利用19对SSR引物对“沪茄五号”杂交品种及其双亲品种的DNA进行PCR扩增，筛选出多态性好的SSR引物；

S3、PCR扩增及产物的电泳检测

利用筛选出的SSR引物进行PCR扩增；PCR扩增产物通过6％的PAGE电泳分离，而后进行银染、显影、标记；

S4、DNA数字指纹即指纹图谱的建立

对扩增产物进行数据统计分析，以“1”和“0”分别代表某个等位基因位点扩增出的DNA条带的有和无，按照从上到下即由小片段向大片段的读带方向，将指纹图谱转换为由“1”和“0”组成的字符串，即构成对应品种的数字指纹；

S5、数字化二维码的建立

对亲本和杂交种的指纹图谱代码进行二维编码，录入每份供试材料的名称和指纹图谱代码信息，绘成亲本和杂交种的DNA指纹图谱二维编码；

步骤S3中，筛选得到2对特异引物SSR116和SSR171；

引物SSR116碱基序列为：

5'-TTAGAAATTTCGGAACAAAGAGA-3'；

5'-CCACATGAAACTTGGACCAATGAG-3'；

引物SSR171碱基序列为：

5'-CCTTCAATTGACC TCCCTCA-3'；

5'-GCATCTGGAAATTAGAGGCG-3'；

步骤S4中，建立的数字指纹为：

对于引物SSR116：父本“福-2”为0111111，母本“江茄”为1011111，杂交种“沪茄5号” 为1111111；

对于引物SSR171：父本“福-2”为11111111111，母本“江茄”为11000001100，杂交种“沪茄5号”为11111111111；

其中，所述数字“1”表示图谱中某个位置上有扩增带存在，数字“0”表示在某个位置上没有扩增带存在。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S1中CTAB微量法采用的CTAB缓冲溶液成分为：

100ml 1M TRIS，pH＝7.5；

140ml 5M NaCl；

20ml 0.5M EDTA，pH＝8；

740ml MiliQ H₂O；

20g CTAB，并在65℃水浴溶解。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤S2及S3中，PCR扩增采用10μL的反应体系，使用2×Taq Master Mix稀释1倍后取8.0μL，0.1μmol/L引物各0.5μL，50ng/μL模板DNA1.0μL。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S2及S3中的PCR扩增程序为：94℃预变性5min；94℃变性30min，60℃退火30s，每个循环降温0.5℃，72℃延伸45s，9个循环；94℃变性1min，56℃退火30s，72℃延伸45s，30个循环；72℃延伸10min后4℃保存。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S5中，将引物按照固定的顺序以字母的形式进行编号，再对引物扩增条带大小记录并赋值，生成相应引物及其条带的带型编号；

按照固定顺序，对每份供试材料带型编号组合，生成该品种的指纹图谱代码，对双亲品种和杂交品种的DNA指纹图谱代码分别进行二维编码。

6.权利要求1所述方法建立的DNA指纹图谱的应用，其特征在于，用于茄子杂交种“沪茄五号”种子纯度的鉴定。