[发明专利]一套用于犬类品系鉴定的SNP位点

说明书

本发明公开了一套用于犬类品系鉴定的SNP位点，所述用于犬类品系鉴定的SNP位点包括表2中给出了SNP位点。本发明还公开了一种用于犬类品系鉴定的芯片，所述芯片用于测量表2中给出了SNP位点的等位基因。

技术领域

本发明属于基因检测领域，更具体而言，本发明涉及一套用于犬类品系鉴定的SNP位点。

背景技术

犬类遗传品系鉴定的方法目前主要分为三大类。第一类：通过纪录在案的犬类家谱信息判断犬类的品系。第二类：通过犬类外观性状进行品系判断。第三类：通过DNA微卫星位点(STR)对品系进行判断。

上述三类产品的技术缺点如下：第一类：1)需要犬类一直保持有系统的家谱文件，如果文件丢失，或者文件被篡改(不良宠物贩为了欺骗消费者常用此手段)，宠物品系的判断将出现错误。2)市场上流通的，或者宠物主人饲养的混种宠物犬种，绝大多数都没有系统的家谱文件，所以根本无法准确判断其品系组成。第二类：1)通过宠物外观，很难区分出品系接近的狗种。2)判断非常主观，且无法提供客观证据支持。3)无法定量判断出品系的纯度有多高。4)如果是混血品种，几本无法从外观准确判断品系组成。第三类：1)因为STR标记位点数量少，准确判定依赖于数量巨大的犬类数据库。2)实验流程很难方便兼容入二代测序平台，无法与其它与二代测序DNA为基础的疾病检测和性状预测有效的组合成一个一体化的实验方法。3)由于STR标记位点数量少，信息量有限，该方法对纯种血统有可以接受的分辨率，但对于多品系混杂的犬类无法做出准确判断。

发明内容

我们开发了计算机算法，从犬类23万个DNA SNP标记中选择了最有代表性的500个位点，用这500个位点的DNA数据判断犬类的品系组成。

因此，在第一方面，本发明提供了一套用于犬类品系鉴定的SNP位点，所述SNP位点包括表2中给出了SNP位点。

在一个实施方案中，所述SNP位点包括表1中给出了SNP位点。

在一个实施方案中，所述犬类品系包括迷你雪纳瑞、柯利、彭布罗克威尔士柯基犬和卷毛比雄犬。

与现有方案一和方案二相比，我们用唾液或者血液中的DNA信息进行品系判断。与现有方案三相比，我们用到的是能够方便使用二代测序平台检验的SNP(单位点核苷酸多态性)。与方案四相比，我们用到的位点数更少。

附图说明

通过以下附图对本发明进行说明

图1是迷你雪纳瑞的鉴定结果，左列为仅用500个SNP位点做的分析，右列为全基因组23万个位点做的分析。

图2是柯利的鉴定结果，左列为仅用500个SNP位点做的分析，右列为全基因组23万个位点做的分析。

图3是彭布罗克威尔士柯基犬的鉴定结果，左列为仅用500个SNP位点做的分析，右列为全基因组23万个位点做的分析。

图4是卷毛比雄犬的鉴定结果，左列为仅用500个SNP位点做的分析，右列为全基因组23万个位点做的分析。

具体实施方式