[发明专利]一个与猪100kg体重背膘厚相关的SNP位点及其应用

说明书

本发明涉及SNP位点，具体公开了一个与猪100kg体重背膘厚相关的SNP位点(Chr1：175791493)及其应用。本发明通过测定并记录杜洛克猪的100kg体重背膘厚，利用优化的GBS技术对3702头杜洛克猪体进行100kg体重背膘厚的GWAS研究，得到了一个显著相关的SNP(Chr1：175791493)位点。统计该SNP位点在重测序的地方猪种(金华猪、五指山猪、陆川猪、梅山猪、荣昌猪、莱芜猪、二花脸猪、河套猪和民猪)与商品猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪和杜长大猪)中的SNP频率，发现其SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中A为优势等位基因，地方猪中T为优势等位基因，为猪的标记辅助选择提供了科学依据。

技术领域

本发明涉及SNP位点，具体地说，涉及一个与猪100kg体重背膘厚相关的SNP位点及其应用。

背景技术

我国是一个养猪大国，猪肉产量和质量的市场需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要集中与猪的表型选择，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，分子选择正逐渐成为可靠而有效的选择方法。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)标记是第三代SNP位点，是指在基因组DNA序列上有单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。SNP具有量大、高频率、低突变率等优点，广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种标记及全球种族遗传学等研究。SNP位点辅助选择育种，是在分子水平上对目标性状进行选择，可以不受环境影响，通过遗传背景选择，减少连锁累赘，从而加速育种过程及精准度。

全基因组关联分析(Genome-wide association studies，GWAS)是畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法。随着二代测序技术的发展，全基因组重测序和简化基因组测序技术成为高通量SNP分型的有力工具，GBS(Genotyping-by-sequencing)是简化基因组测序的经典代表，是一种高效的全基因组SNP分型方法，可以从群体中直接鉴定SNP并进行分型，能以较低的成本获得几万到几十万不等的SNP分型信息，已被广泛应用于动植物的SNP位点开发、群体遗传分析、全基因组关联分析以及基因组选择育种等研究中(De Donatoet al.，2013；Elshire et al.，2011；He et al.，2014)。

猪的背膘厚表示脂肪多少，背膘厚度越厚瘦肉率越低，相反，则瘦肉率高。由于背膘厚与猪产肉性能有强相关性，所以在育种中具有重要的研究意义。

若能够筛选一种与猪背膘厚显著相关的SNP位点或SNP分子标记，则有助于为猪的标记辅助选择育种提供有利的理论依据。

发明内容

为了解决现有技术中存在的问题，本发明的目的是提供一个与猪100kg背膘厚相关的SNP位点及其应用。

为了实现本发明的目的，本发明的技术方案如下：

一方面，本发明提供了一种与猪100kg体重背膘厚相关的SNP位点，该位点为基因组版本Ensembl Sscrofa 10.2的Chr1：175791493，该位点的等位基因为A和T，有A/A、T/T和A/T三种基因型。

所述SNP位点位于SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。