[发明专利]通过使用靶向大规模并行测序的等位基因比率分析进行的胎儿三体性的非侵入性产前诊断

权利要求书

1.分析来自怀有胎儿的女性个体的生物样品以确定所述胎儿是否具有与第一染色体相关的非整倍性的系统，所述生物样品包含来自所述胎儿和所述女性个体的DNA分子的混合物，所述系统包括：

接收装置，所述接收装置用于接收从对来自所述生物样品的DNA进行测序所获得的多个序列阅读结果；

分析装置，所述分析装置用于分析所述多个序列阅读结果，其中分析序列阅读结果包括：

通过将所述序列阅读结果与参照基因组比对来鉴定所述序列阅读结果在所述参照基因组中的位置；和

确定所述序列阅读结果各自的等位基因；

第一鉴定装置，所述第一鉴定装置用于将第一染色体上的多个第一基因座鉴定为待分析的靶标区域；

第二鉴定装置，所述第二鉴定装置用于将一个或多个参照染色体上的多个第二基因座鉴定为待分析的靶标区域，并且其中所述怀孕的女性在所述第一基因座和第二基因座中的每个基因座处针对各个母本等位基因为纯合的，并且其中所述胎儿在所述第一基因座和第二基因座中的每个基因座处针对所述各个母本等位基因和各个父本等位基因为杂合的，所述各个父本等位基因与所述各个母本等位基因不同；

第一确定装置，所述第一确定装置用于确定所述多个第一基因座处所述各个母本等位基因的第一母本量；

第二确定装置，所述第二确定装置用于确定所述多个第一基因座处所述各个父本等位基因的第一父本量；

第一计算装置，所述第一计算装置用于计算所述第一母本量与所述第一父本量的第一比率；

第三确定装置，所述第三确定装置用于确定所述多个第二基因座处所述各个母本等位基因的第二母本量；

第四确定装置，所述第四确定装置用于确定所述多个第二基因座处所述各个父本等位基因的第二父本量；

第二计算装置，所述第二计算装置用于计算所述第二母本量与所述第二父本量的第二比率；

第三计算装置，所述第三计算装置用于计算所述第一比率与所述第二比率的第三比率；以及

比较装置，所述比较装置用于将所述第三比率与一个或多个阈值比较，以确定所述胎儿是否具有与所述第一染色体相关的非整倍性。

2.如权利要求1所述的系统，其中所述第一鉴定装置包括：

将多个序列阅读结果与所述多个第一基因座的第一基因座比对；和

鉴定所述多个序列阅读结果中与所述第一基因座对齐的两个等位基因。

3.如权利要求2所述的系统，其还包括：

第五确定装置，所述第五确定装置用于确定对应于所述第一基因座处的第一等位基因的序列阅读结果的第一数目；

第六确定装置，所述第六确定装置用于确定对应于所述第一基因座处的第二等位基因的序列阅读结果的第二数目；

第四计算装置，所述第四计算装置用于计算所述第一数目与所述第二数目的等位基因比率；

第七确定装置，所述第七确定装置用于确定所述等位基因比率是否大于第一阈值且小于第二阈值。

4.如权利要求1所述的系统，其中所述第一鉴定装置包括：

鉴定所述胎儿的父本针对所述第一基因座处的第一等位基因是纯合的；和

鉴定所述怀孕的女性针对所述第一基因座处的第二等位基因是纯合的。

5.如权利要求1所述的系统，其中所述第一比率对应于由所述第一母本量和所述第一父本量确定的所述混合物中胎儿DNA分子的第一百分比，并且其中所述第二比率对应于由所述第二母本量和所述第二父本量确定的所述混合物中胎儿核酸分子的第二百分比。

6.如权利要求1所述的系统，其中所述第一比率包括所述第一父本量除以所述第一父本量与所述第一母本量之和。

7.如权利要求1所述的系统，其中所述第一比率包括所述第一父本量除以所述第一母本量，且所述第二比率包括所述第二父本量除以所述第二母本量。

8.如权利要求1所述的系统，其中第一阈值对应于母本来源的非整倍性，且第二阈值对应于父本来源的非整倍性。