[发明专利]一种脱靶位点的检测方法、装置及终端设备

说明书

本发明适用于基因组学技术领域，提供了一种脱靶位点的检测方法、装置及终端设备，包括：选取基因样本，所述基因样本包括子代基因样本和所述子代基因样本的亲本基因样本；通过全基因组测序分别对所述子代基因样本和所述亲本基因样本进行处理，并根据指定的比对规则将测序后的所述子代基因样本和所述亲本基因样本进行比对；将所述比对的结果进行格式转换，生成指定格式的比对结果文件；通过综合基因组学查看器IGV显示所述指定格式的比对结果文件，以便用户确认脱靶数目和脱靶位点。通过上述方法能够提高CRISPR实验过程中的安全性。

技术领域

本发明属于基因组学技术领域，尤其涉及一种脱靶位点的检测方法、装置及终端设备。

背景技术

CRISPR(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats)被称为规律成簇间隔短回文重复，是细菌用以保护自身对抗病毒的一个系统，也是一种对付攻击者的基因武器。CRISPR-Cas9是一种基因组编辑技术，能够通过DNA剪切技术治疗多种疾病，但是这种技术也并不完美。在使用时，它有时会在未曾预料的脱靶位点上产生插入和缺失(insertions and indel)。鉴于预料之外的基因切割可能导致意想不到的突变，因此检测CRISPR-Cas9基因编辑过程中脱靶位点(off-target)是至关重要的。目前，已有多款针对CRISPR-Cas9技术的脱靶效应的评估方法，例如软件预测(CRISPR Design)、GUIDE-seq、Digenome-seq等等，但这些评估方法各有优缺点。

软件预测方法通过一些特定的规律，所有可能的off-target罗列出来，但是大多数预测结果与实验结果不符，只能给予实验者少量参考。GUIDE-seq方法即利用在由Cas9蛋白造成双链断裂的地方插入dsODN tag，之后通过dsODN tag将想要知道的有双链断裂附近的序列用PCR的方法扩增出来。最后经过测序就可以清楚准确知道具体的序列信息。但是，整个检测off-target的方法时间过长，步骤相对繁琐，dsODN tag也不能保证有很高的比率标记所有由cas9蛋白造成双链断裂的地方，并且，如果想知道产生off-target的位点还需要进一步通过blast之类的软件进行比对。Digenome-seq方法，即用电脑程序、全基因组测序以及预测软件(Cas-OFFinde)共同检测off-target的方法，这种方法没有过于繁杂的实验步骤，相对用时较少，但是此方法只在单细胞中进行了应用，并不确定是否可以对于胚胎这一类的多细胞通用，并且该方法的准确性的方法并不是很高。因此，现有针对多细胞使用CRISPR-Cas9技术的脱靶效应的评估方法不够准确，从而影响CRISPR实验过程中的安全性。

发明内容

有鉴于此，本发明实施例提供了一种脱靶位点的检测方法、装置及终端设备，以解决现有针对多细胞使用CRISPR-Cas9技术的脱靶效应的评估方法不够准确，从而影响CRISPR实验过程中的安全的问题。

本发明第一方面提供了一种脱靶位点的检测方法，所述检测方法包括：

选取基因样本，所述基因样本包括子代基因样本和所述子代基因样本的亲本基因样本；

通过全基因组测序分别对所述子代基因样本和所述亲本基因样本进行处理，并根据指定的比对规则将测序后的所述子代基因样本和所述亲本基因样本进行比对；

将所述比对的结果进行格式转换，生成指定格式的比对结果文件；

通过综合基因组学查看器IGV显示所述指定格式的比对结果文件，以便用户确认脱靶数目和脱靶位点。

本发明第二方面提供了一种脱靶位点的检测装置，所述检测装置包括：

样本选取单元，用于选取基因样本，所述基因样本包括子代基因样本和所述子代基因样本的亲本基因样本；