[发明专利]一种基于高通量测序的膀胱癌检测试剂盒

权利要求书

1.一种基于高通量测序的膀胱癌检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒的检测体系包括样品采集体系，DNA提取体系，DNA消化反应体系，DNA纯化体系，文库构建体系，高通量测序体系，染色体微缺失微重复分析体系；其中染色体微缺失微重复分析体系的具体方法包括以下步骤：

S1.去除低质量数据：将阴性样本和待测样本的测序数据与参考基因组比对，去除重复序列、非唯一比对序列、错误比对序列、比对质量低序列，得到唯一比对序列，筛选出MAPQ30的序列；

S2.有效区域筛选：将参考基因组以50Kb作为步长将每条染色体分割成50Kb的区间，称为bin，共有A个bin，编号为bin1…binA，

统计每个阴性样本所有bin的序列数目，记录为x_ij表示第i个样本第j个bin的序列数目，阴性样本的个数用B表示，200≤B≤500，

根据公式(1)计算第j个bin的均值

其中，n表示阴性样本的个数B，

根据公式(2)计算标准差分别为s_j：

其中，n表示阴性样本的个数B，

去除小于2的bin，

根据公式(3)计算的均值

其中，k表示bin的个数A，

根据公式(4)计算的标准差s：

其中，k表示bin的个数A，

去除超出的bin，

剩余的bin作为有效分析的区域，每个样品有N个有效分析bin，其中位于常染色体1～22号染色体有N_c个有效分析bin，

S3.确定基线数据：计算每个阴性样本已筛选bin的序列数目，用x_ij表示第i个样本第j个bin的序列数目，

根据公式(5)计算出N_c个常染色体有效分析bin序列数目平均值

其中，n表示阴性样本的个数B，m表示第i个样本常染色体有效分析bin的个数N_c，根据公式(6)计算出x_ij除以N_c个常染色体有效分析bin序列数目平均值得到序列数目比例x_ij％：

根据公式(7)计算第j个bin序列数目比例的均值

其中，n表示阴性样本的个数B，

根据公式(8)计算第j个bin序列数目比例的标准差s_j％：

其中，n表示阴性样本的个数B，

S4.分析微重复微缺失：根据公式(9)计算一个待检样本第j个bin的序列数目x_j，除以平均阴性样本的常染色体bin序列数目之和得到序列数目比例x_j％，再除以bin序列数目比例的均值后乘以2得到标准化序列比例norm(x_j)：

然后使用R软件DNAcopy包中的圆二值分割法对标准化序列比例进行切割，查找断点并划分不同拷贝数区间；最后根据下公式(10)～(12)计算每个区间的Zscore值，值大于3的为微重复，小于3的为微缺失，其中，p、q分别为所述区间的开始和结束位置，μ、σ为动态区间的基线均值和标准差；

2.根据权利要求1所述的膀胱癌检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括以下试剂：DNA提取试剂，DNA消化试剂，DNA纯化试剂，DNA文库构建试剂，DNA高通量测序试剂。

3.根据权利要求1所述的膀胱癌检测试剂盒，其特征在于，DNA消化反应体系如下：1UDNase I，5μL 10×Reaction Buffer，DNA模板，超纯水补齐到50μL；反应条件：37℃反应5min；65℃反应10min使DNase I失活。

4.根据权利要求3所述的膀胱癌检测试剂盒，其特征在于，DNA消化反应体系中DNA模板不少于100ng。

5.根据权利要求1所述的膀胱癌检测试剂盒，其特征在于，样品采集体系中，样本尿液为晨尿中的中段尿。