[发明专利]分子对接方法及系统

权利要求书

1.一种分子对接方法，其特征在于，包括CPU处理端和GPU运算端，所述分子对接方法中包括：

CPU处理端读入作为受体的静态分子结构及作为配体的动态分子结构，分别进行预处理得到网格数据后传送至GPU运算端；

GPU运算端接收到受体和配体的网格数据，分别进行傅里叶变换得到频域数据后进行点积操作得到复合物频域数据；

GPU运算端根据得到的复合物频域数据计算得到匹配因子并将其传送至CPU处理端；

CPU处理端根据接收到的匹配因子得到预设数量的最佳对接位置，实现受体和配体的对接操作；

在步骤GPU运算端根据得到的复合物频域数据计算得到匹配因子并将其传送至CPU处理端中，包括：

调用CPU处理端中傅里叶逆变换函数对复合物频域数据进行傅里叶逆变换得到复合物网格数据；

根据所述复合物网格数据得到其在整个三维网格中的匹配因子；

将得到的匹配因子传送至CPU处理端；

在步骤根据所述复合物网格数据得到其在整个三维网格中的匹配因子中，包括：

获取预先设定的三维网格的大小；

将得到的复合物网格数据除以所述三维网格的大小得到匹配因子；

在CPU处理端中使用了NVIDIA提供的cufft头文件，使用cufft创建任务函数cufftHandle()、内核函数cufftPlan3d()、三维FFT执行函数cufftExecD2Z()、cufftExecZ2D()以及销毁任务函数cufftDestroy()，通过cufft头文件中cufftHandle()函数在CPU处理端创建计划，同时通过cufftPlan3d()函数创建FFT变换句柄，并将得到的静态网格数据static_grid和动态网格数据mobile_grid通过cudaMemcpy()函数，从其从CPU处理端传送至GPU运算端；

当CPU处理端把动态网格数据和静态网格数据传送到GPU运算端之后，GPU运算端调用CPU处理端中的双精度FFT执行函数cufftExecD2Z()开始对两个网络数据进行正向FFT计算。

2.如权利要求1所述的分子对接方法，其特征在于，在步骤CPU处理端读入作为受体的静态分子结构及作为配体的动态分子结构，分别进行预处理得到网格数据后传送至GPU运算端中，包括：

读入作为受体的静态分子结构和作为配体的动态分子结构；

对静态分子结构进行离散化和平面化处理得到静态网格数据；

对动态分子结构进行离散化处理得到动态网格数据；

将静态网格数据和动态网格数据传送至GPU运算端。

3.如权利要求1或2所述的分子对接方法，其特征在于，在步骤CPU处理端根据接收到的匹配因子得到预设数量的最佳对接位置中，包括：

接收CPU处理端传送的匹配因子；

对接收到的匹配因子进行排序；

根据排序筛选出预设数量的最佳对接位置。