[发明专利]鉴定西瓜枯萎病的dCAPS标记、引物及其获取方法和应用

权利要求书

1.一种鉴定西瓜枯萎病的dCAPS标记，其特征在于，

所述dCAPS标记的核苷酸序列为序列表中的SEQ ID NO∶1～3的核苷酸碱基序列，所述SEQ ID NO∶1～3的核苷酸碱基序列中，SEQ ID NO∶1为野生西瓜抗病材料dCAPS标记的核苷酸碱基序列，序列表中SEQ ID NO∶2为栽培西瓜抗病材料dCAPS标记的核苷酸碱基序列，序列表中SEQ ID NO∶3为西瓜感病材料dCAPS标记的核苷酸碱基序列；

根据SNP位点开发dCAPS标记，候选SNP位点为FW-3基因3kb区间下游500bp内第38个SNP位点，所述候选SNP位点的碱基突变为：由抗病材料的碱基“C”突变为感病材料的碱基“T”，Rsa I酶切位点为GTAC。

2.一种鉴定西瓜枯萎病的dCAPS标记的引物，其特征在于，引物Rsa2-FR为：

上游引物序列：5′-AAATAGAGGAAGACAAACCGTA-3′，

下游引物序列：5′-TGTTAATGAAAATGTTCGAAGT-3′。

3.一种权利要求1所述的鉴定西瓜枯萎病的dCAPS标记的获取方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)供试材料选取，其中包括抗病材料和感病材料；

(2)对所述步骤(1)中供试材料分别进行基因组DNA提取，得到所述供试材料的全基因组序列；将几丁质酶基因保守序列在所述供试材料的全基因组序列中进行Blast比对，获取所述供试材料中候选几丁质酶基因的位置及功能注释信息；

(3)对所述步骤(2)中在所述供试材料上获取的候选几丁质酶基因分别设计引物进行全长扩增并测序；

(4)对所述步骤(3)中获取的测序结果进行基因组序列比对，获取与所述供试材料表型性状完全符合的候选SNP位点，即为与所述供试材料抗枯萎病基因紧密连锁的候选SNP位点；

(5)对所述步骤(4)中获取的候选SNP位点分别设计dCAPS标记，在验证材料中验证所述候选SNP位点，获得与所述供试材料抗枯萎病基因紧密连锁的dCAPS标记，即为所述鉴定西瓜枯萎病的dCAPS标记。

4.根据权利要求3所述的鉴定西瓜枯萎病的dCAPS标记的获取方法，其特征在于，

还包括在所述步骤(2)之前，选取典型的抗病材料和感病材料接种枯萎病病原菌并进行几丁质酶酶活测定的步骤。

5.根据权利要求3所述的鉴定西瓜枯萎病的dCAPS标记的获取方法，其特征在于，

对所述步骤(3)中全长扩增的产物分别进行验证，将所述产物中扩增出的片段与目的片段大小一致的全长扩增产物进行测序。

6.根据权利要求3所述的鉴定西瓜枯萎病的dCAPS标记的获取方法，其特征在于，

所述步骤(4)中候选SNP位点为FW-3基因3kb区间下游500bp内第38个SNP位点。

7.根据权利要求6所述的鉴定西瓜枯萎病的dCAPS标记的获取方法，其特征在于，

所述候选SNP位点的碱基突变为：由抗病材料的碱基“C”突变为感病材料的碱基“T”。

8.根据权利要求3所述的鉴定西瓜枯萎病的dCAPS标记的获取方法，其特征在于，

所述步骤(5)中对所述抗病材料的候选SNP位点分别设计dCAPS标记包括：对所述抗病材料上的所述候选SNP位点分别设计引物，对其中的栽培西瓜抗病材料，将正向引物序列3′末端倒数第3个碱基“A”修饰变为“G”，与所述抗病材料的突变碱基“C”组成1个Rsa I酶切位点，所述Rsa I酶切位点为GTAC；对其中的野生西瓜抗病材料，引物序列不需要修饰；酶切后获取的核苷酸序列分别为序列表中的SEQ ID NO∶4、SEQ ID NO∶5、SEQ ID NO∶6的核苷酸碱基序列。