[发明专利]一种与地中海水牛泌乳性状关联的遗传标记

说明书

本发明属于家畜分子标记筛选技术领域，具体涉及一种与地中海水牛泌乳性状关联的遗传标记。该标记从水牛ACAA1基因中筛选得到，其序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列776位碱基处发生一个A/T碱基突变，导致ACAA1基因多态性。筛选方法为：从水牛血液中提取基因组DNA，设计引物，PCR扩增，PCR产物克隆、测序，序列比较分析，SNP检测，质谱分型，标记与泌乳性状间相关性分析。公开了地中海水牛ACAA1基因promoter区的SNP分型检测技术，发现该A/T突变位点与305d乳脂量、306d乳蛋白量、305乳脂率、305乳蛋白量等产奶性状显著相关。本发明为水牛标记辅助选择提供了新的遗传标记资源。

技术领域

本发明属于水牛的标记辅助选择技术领域，具体涉及一种与地中海水牛泌乳性状关联的遗传标记。所述的遗传标记分离自ACAA1基因的启动子(promoter)区域(即该基因的部分核苷酸序列)。本发明还包括该遗传标记在水牛标记辅助选择关联分析中的应用。

背景技术

水牛主要分布于热带与亚热带地区，是全球第二大产奶家畜。水牛奶被誉为“奶中之王”，乳脂肪、乳糖、乳蛋白含量高，同时富含锌、铁等矿物元素，且易于吸收，奶质佳，香味浓，营养价值远高于荷斯坦奶牛所产的牛奶。产奶性状是水牛的重要经济性状，主要包括产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳脂量和乳蛋白量等，是典型的由微效多基因控制的数量性状，并且受环境影响。利用分子标记辅助选择(Marker Assisted Selection，MAS)技术，通过对产奶性状基因或与之连锁的遗传标记的选择，实现对控制性状的数量性状基因座位(Quantitative Trait Loci，QTL)的选择，寻找对产奶性状有明显效应的主效基因，进而应用于水牛产奶性状的改良，对于培养专门化乳用品种具有重要的意义。

水牛分子育种的研究和应用也在快速的发展，发现了一些与生产性状有关联的功能基因和基因类型。Freitas等对136头摩拉水牛A2M基因进行了多态性研究，结果共发现3个SNP位点，其中，A2M-exon29(g.241AG)位点与乳脂量、乳脂率和乳蛋白率显著相关，GG基因型个体乳脂量、乳脂率和乳蛋白率较高。Ozdil等利用PCR-RFLP和PCR产物直接测序技术对Anatolian水牛DGAT1基因第8外显子的多态性进行了研究，结果表明，所有水牛群体的DGAT1基因已固定，均为K232A等位基因型，且其与高乳脂量相关。

ACAA1(acetyl-Coenzyme A acyltransferase 1，乙酰辅酶A酰基转移酶1)主要分布在过氧化物酶体，为酰基转移酶。其在脂肪分解代谢中起着重要的作用，多种与脂肪代谢有关的药物通过影响乙酰辅酶A酰基转移酶mRNA的合成调节脂类代谢。ACAA1的缺乏可引起酮症，甚至导致死亡。李恒德等研究表明黄牛ACAA1基因A1066G突变位点的3种基因型间眼肌面积差异显著(P0.05)，AA型最高，AG型次之，GG型最低；ACAA1基因A1452G突变位点的3种基因型间眼肌面积差异显著(P0.05)，GG型最高，AG型次之，AA型最低。目前ACAA1基因与泌乳水平的研究较少，实验室前期RNAseq的结果表明：ACAA1基因在泌乳期高表达，故检测水牛ACAA1基因多态性，进而筛选与产奶性状相关的分子标记很有必要。

发明内容

本发明的目的是筛选一种与地中海水牛泌乳性状关联的遗传标记。通过克隆水牛ACAA1基因的启动子(promoter)区的序列，运用直接测序法寻找SNP位点，并通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF-MS)进行基因分型，分析该突变位点与水牛泌乳性状的关联性。从而为水牛的泌乳性状建立新的标记辅助选择位点。

本发明通过以下技术方案实现：