[发明专利]lncRNA及其靶基因在选育高品质畜禽品种中应用

说明书

本发明公开了lncRNA及其靶基因在选育高品质畜禽品种中应用。发明发现了与肌内脂肪相关的XLOC_027632，通过共表达网络分析及trans调控作用分析预测差异表达lncRNA的靶基因ROBO1，并进行了验证。本发明发现的分子标志物可用于选育高肉品质畜禽品种，具有重要的应用价值。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及lncRNA及其靶基因在选育高品质畜禽品种中应用。

背景技术

lncRNA是一类长度大于200个核苷酸、不具有蛋白编码能力的RNA。其结构具有多样性，可能含有poly-A尾，在细胞核和细胞质均存在。研究发现，在表观遗传水平、转录水平和转录后水平等多个层面，lncRNA参与多个生物学过程的调控，包括基因表达调控、剂量补偿效应、基因组印记、染色质重塑、细胞周期调控、剪接调控、mRNA降解和翻译调控等，因此也受到越来越多科研人员的关注，成为一个新的研究热点。

现有研究显示，lncRNA作为一种调控性非编码RNA，对猪脂肪代谢及成脂分化具有重要的调控作用。脂肪细胞分化包括BMSCs诱导分化为前体脂肪细胞、前体脂肪细胞增殖生长及终末分化为成熟脂肪细胞三个阶段，lncRNA可以促进脂肪细胞分化。HOTAIR是在人类臀部脂肪组织中表达的一种lncRNA，在腹部前体脂肪细胞异位过表达HOTAIR，使前体脂肪细胞分化增强，同时PPARγ、FABP4、AdipoQ和LPL的表达量也提高。

本研究选取莱芜猪和大白猪为实验材料，利用RNA-seq技术和生物信息学方法，比较分析大白猪和莱芜猪肌内脂肪组织基因表达谱，鉴定筛选与成脂分化及脂代谢相关的关键差异表达lncRNA及其靶基因，发明发现了与猪肉肌内脂肪相关的XLOC_027632，通过共表达网络分析及trans调控作用分析预测差异表达lncRNA的靶基因ROBO1，并进行了验证，探究他们调控猪肌内脂肪沉积的分子机制，以及脂肪代谢调控，并进行了验证。本发明发现的分子标志物可用于选育高肉品质畜禽品种，具有重要的应用价值。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与猪肌内脂肪相关的长链非编码RNA XLOC_027632，序列与SEQ ID NO.1具有90％以上序列同源性。

优选的，XLOC_027632序列与SEQ ID NO.1具有95％以上序列同源性；更优选的，长链非编码RNA序列为SEQ ID NO.1。

术语“同源”是主要是指序列上的同源，也就是用来说明两个或多个蛋白质或DNA序列具有相同的祖先。同源的序列一般有相似的功能。蛋白质和DNA的同源性常常通过它们序列的相似性来判定，相似性是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。一般来说，当相似程度高于50％时，常推测检测序列和目标序列可能是同源序列；当相似性程度低于20％时，就难以确定其是否具有同源性。

本发明的目的在于提供一种检测猪肌内脂肪的试剂，试剂通过测序技术、核酸杂交技术或核酸扩增技术检测XLOC_027632的表达水平。

优选的，通过高通量测序技术、探针杂交技术、基因芯片技术或荧光定量PCR技术检测XLOC_027632的表达水平。

进一步，所述核酸扩增技术选自聚合酶链式反应(PCR)、逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、转录介导的扩增(TMA)、连接酶链式反应(LCR)、链置换扩增(SDA)和基于核酸序列的扩增(NASBA)。其中，PCR需要在扩增前将RNA逆转录成DNA(RT-PCR)，TMA和NASBA直接扩增RNA。