[发明专利]一种基于荧光探针的新型基因SNP分型方法

说明书

本发明是一种基于荧光探针的新型基因SNP分型方法，(1)模板DNA提取：采用DNA提取试剂盒进行模板DNA的提取；(2)FH‑PCR第一阶段：目的片段扩增；(3)FH‑PCR第二阶段：溶解曲线信号收集；(4)结果判读。本发明提供了一种新型探针，实现一条探针即可检测一个SNP位点；优化了PCR反应体系和配方，提高检测的准确度；改进了荧光定量PCR的流程，提高了荧光定量仪利用度；优化了反应流程，提高了基于探针法和荧光定量PCR仪的SNP检测产量。

技术领域

本发明涉及分子生物学基因检测领域，尤其涉及一种基于荧光探针的新型基因SNP分型方法。

背景技术

SNP(Single Nucleotide Polymorphism)，即单核苷酸多态性，是由单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列多态性。一般而言，普通的SNP位点有两种等位基因。在人类基因组中平均每1000个碱基左右就有一个SNP多态性位点。

SNP位点会影响基因的功能，从而导致生物的性状改变，有些甚至会导致遗传疾病致病。单核苷酸多态性是研究人类家族遗传变异的重要依据，广泛用于群体遗传学研究和疾病相关基因的研究，在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。目前基因SNP分型检测方法主要是桑格测序、二代高通量测序、飞行时间质谱、荧光定量Taqman探针法。

桑格测序、二代高通量测序和飞行时间质谱这三种基因SNP分型检测方法采用的检测设备昂贵，检测试剂不具有开放性，只能采用仪器购买公司的试剂和耗材，受限较大。检测周期长，桑格测序、飞行时间质谱检测法需要3天以上，而二代高通量测序则需要15天以上，过程较为复杂，操作过程步骤繁多，对操作人员要求较高，污染风险较大，对实验室要求高。

荧光定量技术采用的设备较为低廉，检测周期短，一天之内即可完成，检测试剂具有开放性，可以采用目前大部分PCR试剂厂商的相关试剂和耗材，非常灵活。同时，操作简单，可以实现一步PCR反应检测，对实验室的要求较低，减少了污染的可能性。

但是一般的基于Taqman水解探针的荧光定量PCR基因分型方法存在许多不足之处，如：探针成本高，需要设计两条探针；检测效率低，一个反应可集成检测的SNP位点较少；检测产量较低；需要全程在荧光定量PCR仪上运行，对荧光定量PCR仪的利用度低。

发明内容

本发明旨在解决现有技术的不足，而提供一种基于荧光探针的新型基因SNP分型方法，具体为一种分段高效PCR(FH-PCR)基因分型方法。

本发明为实现上述目的，采用以下技术方案：

一种基于荧光探针的新型基因SNP分型方法，具体步骤为

(1)模板DNA提取：

采用DNA提取试剂盒进行模板DNA的提取；

(2)FH-PCR第一阶段：目的片段扩增

①PCR扩增体系成分包括：

Taq HS DNA聚合酶；

Taq HS DNA聚合酶10X缓冲液；

荧光探针；

上游引物；

下游引物；

模板DNA；

由dATP、dCTP、dGTP和dTTP组成的4种dNTP混合物；

高纯水；

②PCR扩增体系的配制：