[发明专利]评估脊索瘤术后复发风险的组合试剂、试剂盒及其应用

说明书

本发明涉及评估脊索瘤术后复发风险的组合试剂、试剂盒及其应用，包括：a.第一试剂，含有用以扩增位点MEF2A 100252713的第一引物对；b.第二试剂，含有用以扩增位点MUC3A 100550399的第二引物对；c.第三试剂，含有用以扩增位点MST1L 17084537的第三引物对，本发明首次找到并利用了与脊索瘤术后复发相关的重要基因，制备的组合试剂能够简便快速地评价患者的复发风险，可以被用于评估脊索瘤术后复发风险。

[技术领域]

本发明涉及评估脊索瘤术后复发风险的组合试剂、试剂盒及其应用。

[背景技术]

脊索瘤是一种较为罕见的原发性恶性骨肿瘤，在骨肿瘤中占1-4％，好发于脊柱中轴骨的头端和尾端，其中骶骨(50-60％)，颅底(25-30％)，颈椎(10％)，胸腰椎(10％)，而在骶尾部肿瘤中，脊索瘤的比例要高达50％。脊索瘤被认为是一种低度恶性的肿瘤，但是具有极高的复发率及容易局部侵犯的特点。来自美国SEER数据库的统计分析，在400例患者中，生存中值为6.29年，5年、10年、20年生存率分别为67.6％,39.9％,13.1％。脊索瘤不像其他恶性肿瘤，它一般起病隐匿，生长缓漫，等发现时瘤体己经较大，且靠近人体中轴重要的神经、血管、骨性结构，肿瘤往往难以被完整切除。尽管手术治疗最为有效，但是可行性很低。在骶骨脊索瘤中整块切除手术可行的比例仅仅为50％左右，在脊柱和颅底中比例则更低。因此，由于不能整块完全切除而产生的肿瘤复发是非常常见的。脊索瘤术后复发率极高，有文献报道可达67％-85％，患者常常需要进行多次手术，但却仍无法根治，不仅在生理上遭受巨大创伤，心理上也面临巨大压力。

脊索瘤是由残留在脊柱中的脊索组织细胞癌变产生的，脊索瘤的年发病率约为百万分之一，使得较难收集大量样本，并且由于脊索组织是胎儿发育阶段特异存在的，随着胎儿的发育，脊索组织会逐渐消失并被脊柱所取代，所以在取得病人的癌组织样本的时候无法获取癌旁组织做对照，这些困难导致脊索瘤的基因组学研究落后于常见肿瘤，脊索瘤也并未在TCGA和ICGC研究对象之列。目前，国际上有很多研究者致力于脊索瘤的研究，并成立了脊索瘤基金会(Chordoma Foundation)。

由于体细胞突变在各种肿瘤的发生和发展中都起到关键作用，国际上ICGC和TCGA等大型肿瘤基因组研究已经对多种肿瘤进行了外显子组和全基因组的突变谱解析，但是脊索瘤尚未在其研究对象之列。通过文献调研，我们发现除了对候选基因的突变研究，尚未有文献报道和描述脊索瘤的体细胞突变谱。

尽管在脊索瘤发生机理方面己经取得了一定进展，但是由于样本难以大量收集等原因，目前缺少脊索瘤基因组的深入研究结果，因此，对于脊索瘤的复发评估，并没有有效预测工具提供给临床医生用于区分脊索瘤术后复发的患者群体，从而针对那些术后易复发的患者给予特殊的诊疗策略。

[发明内容]

本发明的目的是通过找到与脊索瘤术后复发相关的重要基因，筛选重要基因的突变位点，从而发明能够检测脊索瘤术后复发风险评估的组合试剂，以能够简便快速地评价患者的复发风险。

一种评估脊索瘤术后复发风险的组合试剂，包括：

a.第一试剂，含有用以扩增位点rs759372406的第一引物对；

b.第二试剂，含有用以扩增位点rs776023456的第二引物对；

c.第三试剂，含有用以扩增位点rs1209635867的第三引物对。

上述组合试剂还具有如下优化方案：

第一引物对优选上游引物如SEQ ID NO：1所示，下游引物如SEQ ID NO：2所示。

第二引物对优选上游引物如SEQ ID NO：3所示，下游引物如SEQ ID NO：4所示。

第三引物对优选上游引物如SEQ ID NO：5所示，下游引物如SEQ ID NO：6所示。