[发明专利]一种TERT基因rs10069690位点SNP核酸质谱检测方法

说明书

本发明提供了一种TERT基因rs10069690位点SNP核酸质谱检测方法，首先通过第一步PCR反应扩增出含有SNP位点的片段，而非单独扩增SNP位点，以提高样品的可操作性以及后续操作的精度；通过SAP对步骤S1得到的扩增产物进行去磷酸化处理，防止DNA分子5'端与3'端连接，在后续步骤准备好之前让DNA分子保持线性状态，从而保证后续实验的准确度；最后通过步骤S3对rs10069690位点进行单碱基延伸，利用变性‑退火内循环使DNA双链充分解螺旋、分离，从而实现不同SNP的精确分型。通过上述方法，可以快速、准确地获得TERT基因的rs10069690位点的SNP分型信息，操作简便、可靠性强，可以为后续的相关研究提供可靠的参考信息。

技术领域

本发明属于SNP检测技术领域，特别涉及一种TERT基因rs10069690位点SNP核酸质谱检测方法。

背景技术

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90％以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。

TERT基因位于5号染色体上，用于指导端粒酶逆转录酶(TRET)的合成。端粒(telomere)是染色体末端一种特殊结构，一方面可减少末端缩短，另一方面还可避免相邻染色体末端融合，在细胞增殖和衰老等过程发挥着关键作用；端粒酶负责端粒末端重复序列生成，避免端粒缩短。端粒酶逆转录酶是端粒酶的催化亚基，可有效保持端粒结构完整性，是决定端粒长度的关键因素。研究表明，肿瘤发生的特征之一是端粒酶的表达量增加，而端粒酶逆转录酶的表达与端粒酶的表达呈高度正相关关系。目前已有研究指出，黑色素瘤、皮肤癌、卵巢癌以及膀胱癌等疾病均与端粒酶逆转录酶的表达具有正相关性。

TERT基因上存在中多SNP位点，每个SNP位点的不同表达形式均可能对上述病症产生不同的影响。因此，提供一种高效、准确的SNP检测方法，将会为研究TERT对上述疾病的影响机制提供重要的参考信息和理论支持。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明提供了一种TERT基因rs10069690位点SNP核酸质谱检测方法。

本发明具体技术方案如下：

本发明一方面提供了一种TERT基因rs10069690位点SNP核酸质谱检测引物组，包括如下引物：

上游引物rs10069690-F：5`-ACGTTGGATGTCAGTTGCCTGGGCTTA TTG-3`(如SEQ.ID.No.1所示)；

下游引物rs10069690-R：5`-ACGTTGGATGCTGAGCACTACCCATGA TAG-3`(如SEQ.ID.No.2所示)；

延伸引物rs10069690-E：5`-GGAAGGGAGATTTTGACAG-3`(如SEQ.ID.No.3所示)；

TERT基因rs10069690位点野生型碱基序列如SEQ.ID.No.4所示。

本发明另一方面提供了一种应用该引物组的TERT基因的rs10069690位点SNP核酸质谱检测方法，包括如下步骤：

S1：用上游引物rs10069690-F和下游引物rs10069690-R进行第一轮PCR，对模板DNA进行扩增，得到含有所述rs10069690位点的片段；

S2：对步骤S1得到的片段进行去磷酸化处理，得到脱磷酸片段；

S3：用延伸引物rs10069690-E对所述脱磷酸片段进行单碱基延伸，对不同SNP进行分型；