[发明专利]水稻抗细菌性条斑病主效基因位点的分子标记及应用

说明书

本发明公开了一种水稻抗细菌性条斑病主效基因位点的分子标记，以及扩增该分子标记的引物对。发明人通过群体构建，将广西野生稻抗源DY19(♂)与9311(♀)杂交及回交、自交获得的BC3F2后代，并进行抗性鉴定及分子遗传连锁分析，获得与抗细菌性条斑病基因紧密连锁的分子标记SL41。本发明所开发的分子标记检测的主效基因位点位置明确，鉴定方便，对于该虫病的长期防治意义重大。而且，用该标记检测育种材料的细菌性条斑病基因操作简单，准确率达95％以上，不仅节省生产成本而且大大提高抗细菌性条斑病水稻品种的筛选效率，极大地缩短抗病水稻品种的育种周期，提高育种效率。

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，尤其涉及一种水稻抗细菌性条斑病主效基因位点的分子标记及应用。

背景技术

水稻细菌性条斑病(病原为Xanthomonas oryzae pv.oryzicola(Fang，Ren，Chu，Faan，wu)Swings称稻生黄单胞菌条斑致病变种，属黄单胞杆菌属细菌)又称细条病、条斑病，主要为害叶片。水稻细菌性条斑病病斑初为暗绿色水浸状小斑，很快在叶脉间扩展为暗绿至黄褐色的细条斑，大小约1×50mm，病斑两端呈浸润型绿色。病斑上常溢出大量串珠状黄色菌脓，干后呈胶状小粒。发病严重时条斑融合成不规则黄褐至枯白大斑，与白叶枯类似，但对光看可见许多半透明条斑。病情严重时叶片卷曲，田间呈现一片黄白色。

水稻细菌性条斑病是一种重要的检疫性水稻病害，其发生具有流行性、暴发性和毁灭性等特点，在我国华南、华中和华东东南亚稻区及非洲稻区危害严重。水稻受水稻细条病菌侵染后，叶片变黄甚至枯死，空瘪粒增多，千粒重降低。一般年份，在感病品种上能引起15％～25％损失，在气候条件适宜时，该病容易发生流行，产量损失高达40％～60％，对水稻的高产稳产造成了严重威胁。目前，水稻细菌性条斑病防治主要依赖噻唑类杀菌剂，长期使用容易造成病原菌抗药性突变体的比例逐年上升，产生抗药性，并且其抗药性能够稳定遗传。在缺乏有效化学药剂和抗病品种的前提下，利用水稻本身携带抗病基因是一种值得探求的防治途径，而且抗性基因的利用被认为是一类具有发展潜力的生防因子。

国内外对水稻细条病抗性的研究工作并不多，研究方向多为病原菌鉴定、灾害防治、抗源鉴定筛选、抗源的遗传分析等方面，而对抗性基因的分子遗传机理则少有涉及。迄今为止，我国主要有吴为人等(2014)获得了抗细菌性条斑病基因qblsr3d(位于第3染色体)，qBlsr5a(位于第5染色体)，qBlsr5b(位于第5染色体)，同时均获得了相应的分子标记，并进行了精细定位。郑景生等(2005)等以感病品种明恢86和抗病品种佳辐占构建F2代分离群体，在2号染色体检测到一个抗性QTL，可解释13.7％的表型变异。黄小嫚(2006)利用感性品种IR24和抗病品种DV85检测到6个细条病抗性QTL，分别位于5、7号染色体。Chen(2006)利用Dular/IR24(DI)和Dular/Balila(DB)分别构建群体在11号染色体上检测到一个QTL，可解释表型变异21.7％和36.3％。贺文爱等(2010)以一份高抗性普通野生稻材料与测序品种9311构建了连续回交群体BC2F2，将一个抗性基因bls1定位在6号染色体上4cM的范围内。以上的研究大部分都获得相应的分子标记，与本研究所获得的抗细菌性条斑病主效基因位点均不同。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种与主效基因紧密连锁的水稻抗细菌性条斑病主效基因位点的分子标记及应用。

为解决上述技术问题，本发明采用以下技术方案：

水稻抗细菌性条斑病主效基因(暂命名为bls2(t))位点的分子标记(SL41)，位于水稻第2染色体24056656bp，且其扩增片段具有序列表SEQ.ID.No.2的碱基序列。

上述分子标记在选育抗细菌性条斑病水稻品种及抗性基因资源的筛选中的应用。

扩增上述分子标记的引物对，包括具有序列表SEQ.ID.No.3和SEQ.ID.No.4的碱基序列。