[发明专利]猪全基因组50K SNP芯片及应用

说明书

本发明提供一种猪全基因组50K SNP芯片及应用，所述SNP分子标记主要来自于以下3类：第一类，根据已有文献报道的现有重要经济功能基因的显著位点筛选得来SNP位点；第二类，从国内外多个品种测序数据筛选出的多态性良好的SNP位点；第三类，来源于SNP数据库，3类探针共计包含50000个SNP位点。本发明提供的猪全基因组50K SNP芯片，可用于特异性鉴定欧洲猪与亚洲猪，进行全基因组选择育种，目标性状QTL、关联位点及候选基因鉴定，亲缘关系鉴定等方面。

技术领域

本发明涉及分子生物学、功能基因组学、生物信息学、基因组育种技术领域，具体地说，涉及猪全基因组50K SNP芯片及应用。

背景技术

SNP是指基因组水平上单个核苷酸的变异，包括单碱基的缺失、插入、转换及颠换等形成的分子标记，具有数量大分布广的特点。SNP作为遗传标记，对复杂性状的遗传变异具有贡献，因此被广泛应用于遗传研究中。SNP芯片是将带有荧光标记的DNA探针固定在硅片上制作而成，再通过探针DNA与基因组DNA杂交进行SNP分型。SNP与硅片表面的探针结合而不是基因组序列，这样可以将大量个体的DNA固定到一张芯片上分析。

Illumina公司的Infinium SNP芯片技术是目前比较成熟和应用广泛的全基因SNP检测平台。首先将变性的DNA与芯片微珠上的探针进行杂交，然后去除未杂交结合的DNA，并将获得的DNA进行特殊标记碱基的延伸反应；最后通过标记和荧光基团的免疫结合将SNP信息转化为可视的荧光信息。

目前基于第二代测序技术的SNP新型高通量分子标记技术已经在猪中得到了大量的应用。目前在猪上最常见的芯片是Illumina公司推出的两款60K芯片(PorcineSNP60BeadChip)，大约有6万个位点，但是这些位点的分布均匀性一般，还有10K多位点在染色体上的位置不详。已有研究表明，基因组选择的准确性与SNP分子标记的分布有关，SNP在染色体上分布越均匀，基因组选择准确性越高。基因组选择育种中。一般认为，SNP分子标记密度越高，基因组选择准确性越高。但Su等人在2012年的研究表明，当标记密度由54K增加到777K后，其准确性只提高了1％左右，这是因为在实际应用中，大部分标记是没有效应的。因此单纯地追求提高标记的数量，不但提高准确性的程度有限，也会增加成本。综合考虑以上因素，提出本发明。

发明内容

本发明的目的是提供一款猪全基因组50K SNP芯片及应用。

本发明提供的猪全基因组50K SNP芯片，所述50K SNP芯片包含如SEQ ID NO：1-50000所示的SNP分子标记。

所述SNP分子标记主要来自于3类SNP位点：第一类，是根据已有文献报道的具有重要经济功能基因的显著位点，包含5788个SNP位点；第二类，是从国内外多个猪品种测序数据筛选出的多态性良好的SNP位点，包含35765个SNP位点；第三类，是从NCBI的猪SNPdatabase数据库补充的前两类SNP未能覆盖的区域，包含8447个SNP位点。以上3类探针共计包含50000个SNP位点。本款芯片是采用Illumina公司Infinium专利制造技术(US6,429,027)制作的光纤微珠芯片。

本发明还提供一种制备上述基因芯片的方法，用于本发明的猪SNP检测芯片的特异性探针，所述SNP标记其核苷酸序列分别如SEQ ID NO：1-50000所示。本发明的猪全基因组SNP芯片上的SNP位点是指SEQ ID NO：1-50000所示序列中每条序列的第71位碱基。然后利用Infmium芯片制造技术制作SNP芯片。