[发明专利]RNA向导的对人类JC病毒和其他多瘤病毒的根除

权利要求书

1.一种用于从感染JCV的宿主细胞中消除约翰坎宁安病毒(JCV)的组合物，所述组合物包括：

至少一种分离的核酸序列，其编码成簇的规律间隔短回文重复(CRISPR)相关的核酸内切酶，以及

至少一种向导RNA(gRNA)，其具有与JCV DNA中的靶序列互补的间隔序列。

2.根据权利要求1所述的组合物，其中，具有与JCV DNA中的靶序列互补的间隔序列的所述至少一种gRNA还限定为具有与在所述JCV DNA的大T抗原(T-Ag)编码区中的靶序列互补的间隔序列的至少一种gRNA。

3.根据权利要求2所述的组合物，其中，具有与在所述JCV DNA的所述T-Ag编码区中的靶序列互补的间隔序列的所述至少一种gRNA包括具有与在所述T-Ag编码区的TM1区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，具有与在所述T-Ag编码区的TM2区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，具有与在所述T-Ag编码区的TM3区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，或所述gRNA的任何组合。

4.根据权利要求3所述的组合物，其中，所述CRISPR相关的核酸内切酶选自野生型Cas9、人优化的Cas9、切口酶突变体Cas9、SpCas9(K855a)、SpCas9(K810A/K1003A/r1060A)或SpCas9(K848A/K1003A/R1060A)。

5.根据权利要求4所述的组合物，其中，具有与所述TM1区中的靶序列互补的间隔序列的所述gRNA是gRNA m1，具有与所述TM2区中的靶序列互补的间隔序列的所述gRNA是gRNAm2，以及具有与所述TM3区中的靶序列互补的间隔序列的所述gRNA是gRNA m3。

6.根据权利要求5所述的组合物，其中，所述gRNA M1的所述间隔序列与包括SEQ IDNOS：1、2、3或4的靶序列互补；所述gRNA m2的所述间隔序列与包括SEQ ID NOS：5、6、7或8的靶序列互补；并且所述gRNA m3的所述间隔序列与包括SEQ ID NOS：9、10、11或12的靶序列互补。

7.根据权利要求1所述的组合物，其中，所述CRISPR相关的核酸内切酶是Cpf1。

8.一种从感染JCV的宿主细胞中消除约翰坎宁安病毒(JCV)的方法，包括以下步骤：

用包括成簇的规律间隔短回文重复(CRISPR)相关的核酸内切酶，以及具有与JCV DNA中的靶序列互补的间隔序列的至少一种向导RNA(gRNA)的组合物处理所述宿主细胞；以及

从所述宿主细胞中消除所述JCV。

9.根据权利要求8所述的方法，其中，具有与JCV DNA中的靶序列互补的间隔序列的所述至少一种gRNA还限定为具有与在所述JCV DNA的大T抗原(T-Ag)编码区中的靶序列互补的间隔序列的至少一种gRNA，并且在处理步骤之后，所述方法额外包括删除位于T-Ag编码区中的至少一个节段的所述JCV DNA的步骤。

10.根据权利要求9所述的方法，其中，具有与在所述JCV DNA的所述T-Ag编码区中的靶序列互补的间隔序列的所述至少一种gRNA包括具有与在所述T-Ag编码区的TM1区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，具有与在所述T-Ag编码区的TM2区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，具有与在所述T-Ag编码区的TM3区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，或所述gRNA的任何组合。