[发明专利]生物样品分类方法

说明书

本发明涉及对测量生物样品进行分类的方法，其包括：‑获取测量生物样品的至少一条DNA解链曲线，该至少一条DNA解链曲线被称为至少一条测量曲线；‑通过分析源自至少一条测量曲线的描述子，确定测量生物样品属于不同可能组中的定义组；其特征在于，描述子包括每条测量曲线的一阶导数的一个或多于一个点，和/或包括每条测量曲线的二阶导数的一个或多于一个点，和/或每条测量曲线的一个或多于一个点，和/或每条测量曲线的一个或多于一个百分位数。本发明还涉及实施该方法的设备(100)。

技术领域

本发明涉及用于分类生物样品方法和相关设备。

这种设备用户能够在若干可能组中对生物样品进行分类。本发明的领域是生物分类领域。

现有技术

已知文献WO2013/166373描述了用于确定细胞样品或对象中IL-6/STAT3信号传导通路的调节状态的方法。可以基于表达标签的16种基因中的一种或多于一种的表达水平来分析细胞样品或对象中IL-6/STAT3信号传导通路的调节状态。优选使用SYBR Green法通过RT-PCR来确定生物标志物的表达，并且使用随机森林法分析表达数据并与对照样品进行比较。针对该问题确定所选择的变量(在该案例中为16种基因)，并且必须针对每个新问题手动执行。

对组中的生物样品进行分类的方法有可能产生某些技术问题，特别是当可能组的数量很大时，例如：

-如何提高分类的精细度？和/或

-如何能够处理不属于任何已知组的样品？

-如何在不手动选择变量的情况下自动执行方法？

本发明的目的是解决这些问题中的至少一个。

发明内容

该目的是通过用于分类测量生物样品的方法来实现的，所述方法包括：

-获取测量生物样品的至少一条DNA解链曲线，其称为至少一条测量曲线(优选获取测量生物样品的若干DNA解链曲线，也称为技术重复)，通常每条测量曲线包括不同的点，每个点对应于测量样品的DNA随温度的变性水平或量成比例或表示测量样品的DNA随温度的变性水平或量的量，

-通过分析源自至少一条测量曲线的描述子，确定测量生物样品属于不同可能组中的定义组，

其特征在于，描述子包括：

-每条测量曲线的一阶导数的一个或多于一个(优选几个)点，和/或包括每条测量曲线的二阶导数的一个或多于一个(优选几个)点，和/或

-每条测量曲线的一阶导数的一个或多于一个(优选几个)点，和包括每条测量曲线的二阶导数的一个或多于一个(优选几个)点，和/或

-每条测量曲线的一个或多于一个点，和/或

-每条测量曲线的一个或多于一个百分位数。

获取测量生物样品的至少一条DNA解链曲线可以包括获取在靶向若干靶DNA分子的若干引物对同时存在的情况下获得的PCR结果的至少一条解链曲线，该若干靶DNA分子例如对应于若干病原体。然后将其称为“多路复用”条件。该实施方案可用于加速搜索，例如，对于在同一生物样品中很少一起存在的若干病原体的搜索。例如，鉴定了在样品中一起存在的若干病原体的罕见病例：通常，解链曲线具有与存在的病原体一样多的拐点；然后，不同的“定义组”可以包括这些不同病原体的存在的不同组合。

确定可以包括通过随机森林法进行的确定。根据本发明的方法可以包括学习，其包括：

-从属于学习前确定的不同已知初始组的不同参考生物样品开始，获取被称为参考曲线的不同DNA解链曲线，然后

-确定来自参考曲线的描述子，然后