[发明专利]转移性疾病中循环肿瘤细胞的单细胞基因组图谱分析以表征疾病异质性

权利要求书

1.一种检测癌症患者中疾病的异质性的方法，该方法包括：

(a)进行直接分析，其包括针对获自该患者的血液样本中的有核细胞的免疫荧光染色和形态表征以确认和计数循环肿瘤细胞(CTC)；

(b)从所述样本中分离该CTC；

(c)单独表征基因组参数以生成该CTC中每一种的基因组图谱，以及

(d)基于所述图谱确定该癌症患者中疾病的异质性。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述癌症是前列腺癌。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述前列腺癌是激素难治性的。

4.如权利要求1所述的方法，其中有核细胞的该免疫荧光染色包括广谱细胞角蛋白、分化簇(CD)45和二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)。

5.如权利要求1所述的方法，其中所述基因组参数包括拷贝数变异(CNV)标签。

6.如权利要求5所述的方法，其中所述拷贝数变异(CNV)标签包括基因扩增或删除。

7.如权利要求6所述的方法，其中所述CNV标签包括与雄激素非依赖性细胞生长相关的基因。

8.如权利要求6所述的方法，其中所述删除包括磷酸酶和张力蛋白同源物基因(PTEN)的缺失。

9.如权利要求6所述的方法，其中所述基因扩增包括AR基因的扩增。

10.如权利要求1所述的方法，其中所述基因组参数包括基因组不稳定性。

11.如权利要求10所述的方法，其中所述基因组不稳定性通过测量大规模转换(LST)来表征。

12.如权利要求10所述的方法，其中所述基因组不稳定性通过测量基因组改变百分比(PGA)来表征。

13.如权利要求1所述的方法，其中高异质性确认对雄激素受体靶向疗法有抗性的患者。

14.如权利要求1所述的方法，其中CTC之间的高度多样性与对基于紫杉烷的化学疗法的抗性无关。

15.一种检测癌症患者中疾病的表型异质性的方法，该方法包括(a)进行直接分析，其包括针对获自该患者的血液样本中的有核细胞的免疫荧光染色和形态表征以确认和计数循环肿瘤细胞(CTC)；(b)检测每种所述CTC的多种形态学和蛋白质表达特征的存在以确认CTC亚型，以及(c)基于所述CTC亚型的数目确定该癌症患者中疾病的表型异质性。

16.如权利要求1所述的方法，其中高表型异质性确认对雄激素受体靶向疗法有抗性的患者。

17.如权利要求1所述的方法，其中CTC之间的高表型异质性与对基于紫杉烷的化学疗法的抗性无关。

18.如权利要求14所述的方法，该方法进一步包括检测由大核、高核熵和频繁核仁表征的CTC亚型。

19.权利要求14的方法，该方法进一步包括检测所述CTC亚型的流行，其中所述流行与雄激素受体靶向疗法和基于紫杉烷的化学疗法的不良结果相关。

20.一种基于癌症患者中循环肿瘤细胞(CTC)的表型分析来确定LST评分的方法，该方法包括(a)进行直接分析，其包括针对获自该患者的血液样本中的有核细胞的免疫荧光染色和形态表征以确认和计数CTC；(b)检测每种所述CTC的多种形态学和蛋白质表达特征的存在以确认CTC亚型，以及(c)基于一个或多个CTC亚型的频率确定该癌症患者的LST评分。