[发明专利]用于检测寨卡病毒的组合物和方法

说明书

描述了用于快速检测生物样品或非生物样品中寨卡病毒的存在或不存在的方法。该方法可以包括执行扩增步骤、杂交步骤和检测步骤。此外，提供了靶向寨卡病毒的引物和探针以及试剂盒，其设计用于检测寨卡病毒。

发明领域

本发明涉及病毒诊断领域，并且更具体地涉及寨卡病毒（Zika virus）的检测。

发明背景

寨卡病毒，黄病毒科（Flaviviridae）和黄病毒属（Flavivirus）的成员，是由伊蚊属蚊子（Aedes）传播的病毒，所述伊蚊属蚊子包括埃及伊蚊（A. aegypti）和白纹伊蚊（A. albopictus）。寨卡病毒与登革病毒、黄热病病毒、日本脑炎病毒（JEV）和西尼罗病毒（WNV）有关。由寨卡病毒感染称为蚊传热，其在人中可以引起发烧、皮疹和不适。寨卡病毒感染与成人的神经学状况包括格林-巴利综合征有关。另外，截至2016年初，孕妇中的寨卡病毒感染已与流产和/或小头畸形联系。迄今为止，还没有针对寨卡病毒感染的已知的有效药物治疗或疫苗。

在2013-2014年，大洋洲存在寨卡病毒的流行性爆发。在2015年5月，巴西鉴定了第一例确诊的寨卡病毒感染病例。自2015年5月以来，巴西估计有440,000至1,300,000人被感染。巴西的最近爆发已与大量脑过小的诊断相联系。截至2016年初，寨卡病毒的广泛爆发正在进行，主要是在美洲，源自巴西并传播到南美洲的其他国家、中美洲、墨西哥和加勒比海地区。

已开发出针对寨卡病毒的血清学测试（酶联免疫吸附测定（ELISA）或免疫荧光）。然而，与其他黄病毒包括登革热或黄热病的交叉反应性，限制了IgM抗体诊断测试的效用。此外，在感染的早期阶段可能不存在抗体，这进一步降低了血清学测试对于急性感染的效应和适合性。因此，本领域需要快速、可靠、特异性和灵敏的方法来检测寨卡病毒。

发明概述

本发明的某些实施方案涉及用于快速检测生物样品或非生物样品中寨卡病毒的存在或不存在的方法，例如通过在单个试管中的定量实时逆转录酶聚合酶链反应（ PCR）多路检测寨卡病毒。实施方案包括检测寨卡病毒的方法，其包括执行至少一个循环步骤，其可以包括扩增步骤和杂交步骤。此外，实施方案包括设计用于在单个管中检测寨卡病毒的引物、探针和试剂盒。检测方法设计为靶向寨卡病毒基因组的各个区域。例如，该方法设计为靶向编码包膜（E）区域的基因组区域，和/或靶向非结构（NS）区域，例如NS3、NS4B和NS5。

在一个实施方案中，提供了用于检测样品中的寨卡病毒的方法，其包括执行扩增步骤，包括使样品与一组引物接触，以在样品中存在寨卡病毒时产生扩增产物；执行杂交步骤，其包括使扩增产物与一种或多种可检测探针接触；并且检测扩增产物的存在或不存在，其中所述扩增产物的存在指示样品中存在寨卡病毒，并且其中所述扩增产物的不存在指示样品中不存在寨卡病毒；其中所述引物组包含以下或由以下组成：选自SEQ ID NO：1、2、3、4、5、6、7和8的序列或其互补物；并且其中可检测探针包含以下或由以下组成：选自SEQ IDNO：9、10、11和12的序列或其互补物。

在一个实施方案中，用于扩增寨卡病毒靶的引物组包括第一引物和第二引物，所述第一引物包含选自SEQ ID NO：1、2、3和4的第一寡核苷酸序列或其互补物，所述第二引物包含选自SEQ ID NO：5、6、7和8的第二寡核苷酸序列或其互补物，并且用于检测扩增产物的可检测探针包括SEQ ID NO：9、10、11和12的核酸序列或其互补物。