[发明专利]用于表征包含粪便来源的细菌群体的组合物的系统和方法

说明书

在一个实施方案中，本发明提供了表征包含粪便来源的细菌群体的第一组合物的方法，其包括步骤：获得所述包含粪便来源的细菌群体的第一组合物的活培养物，通过在含有培养基的恒化器中接种包含粪便来源的细菌群体的第二组合物来提供因子，所述因子能选择性地将至少一种低于检测阈值水平的细菌菌株扩增至所述阈值水平以上；将所述包含粪便来源的细菌群体的第一组合物的活培养物添加到所述接种的恒化器中，并且将所述包含粪便来源的细菌群体的第一组合物与所述包含粪便来源的细菌群体的第二组合物在所述恒化器中一起培养一定的时间，所述时间足以扩增所述至少一种细菌菌株；取出恒化器培养的样品；以及鉴定所述至少一种细菌菌株。

相关申请

本申请要求2016年2月11日提交的标题为“用于表征包含粪便来源的细菌群体的组合物的系统和方法(SYSTEMS AND METHODS FOR CHARACTERIZING COMPOSITIONSCOMPRISING FECAL-DERIVED BACTERIAL POPULATIONS)”的美国专利申请号62/294,125的优先权，出于所有目的将该申请通过引用其整体并入本文。

技术领域

本发明的领域涉及用于治疗胃肠道病症的疗法。特别地，本发明提供了用于表征用作治疗胃肠道病症的治疗剂的包含粪便来源的细菌群体的组合物的系统和方法。

背景技术

包含粪便来源的细菌群体的组合物可用于治疗胃肠道病症。

附图说明

本文仅以示例的方式通过参考附图描述了本发明的一些实施方案。现在详细地具体参考附图，要强调的是，所示的细节是以示例的方式并且是为了对本发明的实施方案进行说明性讨论的目的。就此而言，说明书连同附图使得本领域技术人员明白可如何实施本发明的实施方案。

图1A和图1B示出了在根据本发明的一些实施方案所述的方法中使用的单级恒化器容器。

图2示出了根据本发明的一个实施方案的代谢谱。

图3示出了根据本发明的一个实施方案的代谢谱。

图4示出了经由Sanger测序法的16S rRNA谱分析获得的序列数据。

图5示出了通过经由Sanger测序法的16S rRNA谱分析获得的序列数据。

图6示出了经由Sanger测序法的16S rRNA谱分析获得低于检测阈值水平的至少一种细菌菌株的序列数据，该至少一种细菌菌株通过根据本发明的一些实施方案的方法培养至可通过Sanger测序检测的水平。

图7示出了使用对阿克曼菌属(Akkermansia)特异性的引物进行MET-1+样品的PCR反应的琼脂糖凝胶结果。

发明内容

在一个实施方案中，本发明提供了表征包含粪便来源的细菌群体的第一组合物的方法，包括步骤：

a.获得包含粪便来源的细菌群体的第一组合物的活培养物，其中包含粪便来源的细菌群体的第一组合物包含至少一种低于检测阈值水平的细菌菌株；

b.通过在含有培养基的恒化器中接种包含粪便来源的细菌群体的第二组合物来提供因子，所述因子能选择性地将至少一种低于检测阈值水平的细菌菌株扩增至所述检测阈值水平以上；

c.将包含粪便来源的细菌群体的第一组合物的活培养物添加到所述接种的恒化器中，并且将包含粪便来源的细菌群体的第一组合物与包含粪便来源的细菌群体的第二组合物在所述恒化器中一起培养一定的时间，所述时间足以将所述至少一种低于检测阈值水平的细菌菌株扩增至所述检测阈值水平以上；

d.在所述足够的时间后取出恒化器培养物的样品；以及

e.鉴定所述至少一种低于检测阈值水平的细菌菌株。