[发明专利]一种鸡全基因组SNP芯片及其应用

说明书

本发明提供了一种鸡全基因组SNP芯片及其应用，该芯片上的SNP位点共50000个：分别源于中国主要地方品种和引进品种鸡的全基因组重测序信息，筛选出白羽肉鸡、黄羽肉鸡和麻羽肉鸡中具有MAF＞0.05，且在基因组平均分布的1.96万个SNP位点；与经济性状相关联的1.4万个SNP位点；弥补前两类探针未覆盖的基因组区域的1.64万个SNP位点。

技术领域

本发明涉及分子生物学、功能基因组学、生物信息学和基因组育种领域，更具体涉及一种鸡全基因SNP芯片及其用途。

背景技术

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)指基因组单个核苷酸的变异，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。单核苷酸多态性作为第三代遗传标记，SNP数量众多、分布密集、易于检测，是较理想的基因分型目标。

全基因组SNP芯片即单核苷酸多态性(SNP)微阵列(Array)，将数百万DNA标记序列排列在玻片或特殊硅片上，固定形成SNP探针阵列。它的工作原理是通过固定在芯片上的DNA标记序列与目标基因组发生碱基配对反应，从而精准鉴定基因信息。基因芯片运用先进的微生化反应技术、显微标记技术、微米级扫描分辨成像技术和生物信息计算机处理技术，准确鉴定检测生物个体中特定的mRNA或DNA序列。目前，有两家美国生物技术公司，ThermoFisher和Illumina公司分别具备商业化基因组SNP芯片制作技术平台。ThermoFisher公司(原Affymetrix公司)利用Axiom平台技术制作SNP芯片(https：//www.thermofisher.com/)，即利用原位光刻技术，通过光刻在基片上原位合成基因探针序列。该芯片在动植物基因组变异研究中已得到广泛应用。

畜禽全基因组SNP芯片由于标记密度高，均匀覆盖全基因组、具有测定准确率高、易实现标准化和自动化检测等诸多优势，可以应用于分子遗传研究和分子辅助育种等各个方面，可为育种上下游过程提供支持，包括种质资源遗传多样性分析、亲缘关系分析、全基因组关联分析(Genome-Wide Association Analysis，GWAS)、数量性状QTL定位分析和选择进化研究等。其中非常重要的应用是在全基因组选择育种(Genomic Selection)中的应用。全基因组选择是当前畜禽育种中主要选育技术，运用全基因组标记，估计所有可能的遗传效应，解释全部的遗传变异，通过统计标记的遗传效应，进行全基因组育种值的预测(Genomic Estimated Breeding Values，GEBVs)，具有育种值估计准确性高、遗传进展快的优点，已应用于奶牛、生猪、国外高产蛋鸡和快大型白羽肉鸡的商业化品系选育实践。

然而，现有鸡600K商业化SNP芯片(Genome-Wide Chicken GenotypingArray)位点信息多来源于国外商业蛋鸡和肉鸡品种，缺少中国地方鸡种(肉用或优质蛋用鸡品种)基因组变异信息，在应用于中国地方鸡种选育及相关基础科学研究中具有较大局限性。其次，由于鸡与其他动物相比，具有品种繁多、群体量大、但是个体价格低廉等特点，所以进行大群体样本检测中，需要一款价格相对低廉的全基因组SNP芯片。因此，肉鸡、蛋鸡育种行业及科研领域均亟待开发一种通量适中，包含中国地方鸡种特有遗传变异信息，兼顾国外引进鸡种基因组信息，通量适中的全基因组SNP芯片。

发明内容

本发明的目的在于提供一种鸡全基因组SNP芯片及其应用。

本发明首先提供一种用于鸡全基因组SNP分子标记组合，由50000个SNP/INDEL分子标记组成，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1～50000所示。

本发明提供一种鸡全基因组育种芯片，包含50000个SNP/INDEL分子标记，其具有SEQ ID NO.1～50000所示的核苷酸序列。