[发明专利]利用来自细菌基因组和质粒的全部基因信息集用于改善的基因抗性测试

权利要求书

1.确定微生物的抗微生物药物抗性谱的方法，其包括：

-获得或者提供所述微生物的多个临床分离物的核酸序列的第一数据集，其中将所述第一数据集的核酸序列的至少一部分组装；和/或获得或者提供所述微生物的多个临床分离物的核酸序列的第一数据集并将所述第一数据集的核酸序列与至少一个参照序列进行比对；

-分析所述第一数据集的核酸序列中所述核酸序列的至少两个基因变异以获得结构变体的第三数据集，所述至少两个基因变异包含染色体中的至少一个基因变异和至少一个质粒中的至少一个基因变异；

-提供所述微生物的多个临床分离物的抗微生物药物抗性和/或敏感性的第二数据集；

-将所述第三数据集与所述第二数据集关联，并对所述关联进行统计学分析；以及

-确定所述微生物的核酸序列中与抗微生物药物抗性相关的基因变异。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述基因变异针对所述微生物的泛基因组来注释和/或针对一个或多个参照基因组来注释。

3.如前述权利要求中的一项或多项所述的方法，其中所述方法包括确定所述微生物对一种或多种抗微生物药物的抗性。

4.如前述权利要求中的一项或多项所述的方法，其中所述抗微生物药物选自阿莫西林/克拉维酸钾(AUG)、氨苄西林(AM)、氨曲南(AZT)、头孢唑林(CFZ)、头孢吡肟(CPE)、头孢噻肟(CFT)、头孢他啶(CAZ)、头孢曲松(CAX)、头孢呋辛(CRM)、头孢噻吩(CF)、环丙沙星(CP)、厄他培南(ETP)、庆大霉素(GM)、亚胺培南(IMP)、左氧氟沙星(LVX)、美罗培南(MER)、哌拉西林/他唑巴坦(P/T)、氨苄西林/舒巴坦(A/S)、四环素(TE)、妥布霉素(TO)、以及甲氧苄啶/磺胺甲恶唑(T/S)。

5.如前述权利要求中的一项或多项所述的方法，其中确定所述微生物对1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16、17、18、19、20或21种抗生素类药物的抗性。

6.确定患者感染了具有抗微生物药物抗性的微生物的方法，其包括下述步骤：

a)获得或提供来自所述患者的含有或疑似含有微生物的样品；

b)如通过权利要求1至5中任一项所述的方法所确定的，确定核酸序列的至少两个基因变异的存在，其中存在所述核酸序列的至少两个基因变异表明所述患者感染了具有抗微生物药物抗性的微生物，所述至少两个基因变异包含染色体中的至少一个基因变异和至少一个质粒中的至少一个基因变异。

7.如权利要求6所述的方法，其中所述微生物是可能抵抗抗微生物药物治疗的细菌微生物。

8.选择对患有可能具有抗微生物药物抗性的微生物感染的患者的治疗的方法，其包括下述步骤：

a)获得或提供来自所述患者的含有或疑似含有微生物的样品；

b)如通过权利要求1至5中任一项所述的方法所确定的，确定核酸序列的至少两个基因变异的存在，其中存在所述核酸序列的至少两个基因变异表明对一种或多种抗微生物药物的抗性，所述至少两个基因变异包含染色体中的至少一个基因变异和至少一个质粒中的至少一个基因变异；

c)鉴定所述至少一种或多种抗微生物药物；以及

d)选择不同于步骤c)中所鉴定的药物，并且适用于治疗所述微生物感染的一种或多种抗微生物药物。

9.如权利要求1至8中的一项或多项所述的方法，其中所述基因变异选自核酸序列的结构变异和单核苷酸多态性(SNP)中的至少一种，所述核酸序列的结构变异包括核酸序列中包含一个以上碱基的至少一个改变。

10.如权利要求6至9中的一项或多项所述的方法，其中确定核酸序列信息或基因变异的存在包括利用下一代测序或高通量测序方法。

11.计算机程序产品，其包含计算机可执行的指令，所述指令被执行时，实施权利要求1至10中任一项所述的方法。