[发明专利]分子标记计数调整方法

权利要求书

1.一种用于确定核酸靶的数量的方法，该方法包括：

(a)使用多个随机的条形码来随机地条形码化多个核酸靶以创造多个随机地条形码化的核酸靶，其中该多个随机条形码的每个包含寡核苷酸，所述寡核苷酸包含含有核酸序列的分子标记；

(b)获得该随机地条形码化的核酸靶的测序数据；以及

(c)对于该多个核酸靶中的一个或多个：

(i)对与该测序数据中的核酸靶相关的独特分子标记的数量进行计数，其中每个与该核酸靶相关的独特分子标记与另一种与该核酸靶相关的独特分子标记的核酸序列不同；

(ii)使用定向邻接鉴定核酸靶的独特分子标记的簇；

(iii)使用(ii)中鉴定的核酸靶的独特分子标记的簇对(b)中获得的测序数据进行折叠；以及

(iv)估计核酸靶的数量，其中在(iii)中对测序数据进行折叠后，该经估计的核酸靶的数量与独特分子标记的数量关联，所述独特分子标记与(i)中计数的测序数据中的核酸靶相关。

2.如权利要求1所述的方法，其中该多个核酸靶包含细胞的整个转录组的核酸靶。

3.如权利要求1所述的方法，其中簇中的核酸靶的独特分子标记在彼此的预定的定向邻接阀值内。

4.如权利要求3所述的方法，其中该定向邻接阀值是一汉明距离。

5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中在该簇内的核酸靶的独特分子标记包含一个或多个亲本分子标记和该一个或多个亲本分子标记的子分子标记，并且其中该亲本分子标记的出现大于或等于预定的定向邻接出现阀值。

6.如权利要求5所述的方法，其中该预定的定向邻接出现阀值是：子分子标记的出现的两倍-1。

7.如权利要求5所述的方法，其中使用(ii)中鉴定的核酸靶的独特分子标记的簇对(b)中获得的测序数据进行折叠，包括：

将子分子标记的出现归因于亲本分子标记。

8.如权利要求1-4、6和7中任一项所述的方法，该方法进一步包括：确定核酸靶的测序深度。

9.如权利要求8所述的方法，其中如果核酸靶的测序深度高于预定的测序深度阀值，则对核酸靶的数量进行估计包括调整(i)中计数的测序数据。

10.如权利要求9所述的方法，其中该预定的测序深度阀值在15与20之间。

11.如权利要求9-10中任一项所述的方法，其中对(i)中计数的测序数据进行调整包括：

限定核酸靶的分子标记的阀值以确定与(b)中获得的测序数据中的核酸靶相关的真分子标记和假分子标记。

12.如权利要求11所述的方法，其中限定核酸靶的分子标记的阀值包括对核酸靶的分子标记进行统计分析。

13.如权利要求12所述的方法，其中进行该统计分析包括：

将核酸靶的分子标记及其出现的分布拟合至两个负二项分布；

使用这两个负二项分布来确定真分子标记的数量n；以及

从(b)中获得测序数据中去除假分子标记，其中这些假分子标记包含其出现低于第n个最丰富分子标记的出现的分子标记，并且其中这些真分子标记包含其出现大于或等于第n个最丰富分子标记的出现的分子标记。

14.如权利要求13所述的方法，其中这两个负二项分布包含对应于这些真分子标记的第一负二项分布、和对应于这些假分子标记的第二负二项分布。