[发明专利]MET外显子14缺失的检测和相关疗法

说明书

本文提供了使用RT‑PCR检测MET外显子14跳过的方法和组合物，以及治疗具有MET外显子14缺失的癌症的个体的方法。

发明背景

MET是在人染色体7上编码的酪氨酸激酶和原癌基因。前蛋白被切割以形成α和β亚基，其经由二硫键保持缔合，并充当肝细胞生长因子的受体。活化的MET诱导参与细胞存活的PI3K-AKT-mTOR途径和参与细胞增殖的RAS-RAF-MEK-ERK途径。

MET中的突变与许多癌症(包括肾癌、胃癌、神经系统癌、肉瘤和肺癌)相关。导致较高活性或表达的突变，或负性调节位点的缺失经常牵涉于这些癌症。具体而言，外显子14和在Tyr 1003的负性调节位点的缺失与显著百分比的非小细胞肺癌(NSCLC)和腺癌相关。CBL(一种E3泛素蛋白连接酶)结合MET蛋白上的Tyr 1003。当该位点缺失时，MET不被正常降解。所得的MET的失调引起下游细胞增殖和存活途径的持续活化。与基因扩增或增加的mRNA或蛋白表达的检测相比，MET外显子14缺失的检测更能预测对MET抑制剂的阳性治疗响应。

引起MET外显子14缺失的突变是异质的，通常影响剪接受体或供体位点。由于异质性，目前的检测方法限于下一代测序(NGS)。

发明概述

本文提供了用于检测人核酸样品中的MET外显子14缺失的方法和组合物。在一些实施方案中，检测MET外显子14缺失的方法包括：(a)从个体获得核酸样品(例如，包含RNA、DNA或RNA和DNA两者)；(b)使用样品实施扩增/检测反应，以选择性扩增和检测MET外显子13-外显子14连接、MET外显子14-外显子15连接和MET外显子13-外显子15连接；和(c)如果检测到MET外显子13-外显子15连接，则检测到MET外显子14缺失的存在。在一些实施方案中，所述方法进一步包括在步骤(b)之前使用样品实施逆转录反应以产生cDNA。在一些实施方案中，逆转录反应和步骤(b)在单个容器(管、孔、微流体室等)中发生。在一些实施方案中，步骤(b)包括使cDNA与以下接触：(i)特异性扩增和检测MET外显子13-14连接的引物组和用第一标记物标记的探针，(ii)特异性扩增和检测MET外显子14-15连接的引物组和用第二标记物标记的探针，和(iii)特异性扩增和检测MET外显子13-15连接的引物组和用第三标记物标记的探针。在一些实施方案中，步骤(c)包括检测用第三标记物标记的探针。

在一些实施方案中，步骤(b)是多重反应，例如使得(i)、(ii)和(iii)的引物组和探针包括在单个容器中。在一些实施方案中，所述多重反应进一步包括内部对照，例如引物组和用第四标记物标记的探针(例如，标记的IC探针)，其特异性扩增和检测内部对照。在一些实施方案中，步骤(b)在分开的容器中进行，例如，每个容器携带(i)、(ii)和(iv)的引物组和探针之一，其任选地与内部对照多重化。在一些实施方案中，逆转录和扩增/检测反应使用定量逆转录-PCR (qRT-PCR)实施。