[发明专利]人类白细胞抗原分型方法

权利要求书

1.一种确定个体的4位人类白细胞抗原(HLA)等位基因组成的方法，所述方法包括：

a)将来自所述个体的至少一个核酸序列读长映射到已知HLA等位基因参考序列，以确定第一组HLA等位基因，所述第一组HLA等位基因解释所述至少一个核酸序列读长；以及

b)使用已知HLA等位基因参考序列的多重序列比对(MSA)来确定一个或多个额外的HLA等位基因参考序列，所述一个或多个额外的HLA等位基因参考序列与所述第一组HLA等位基因同等良好地匹配所述至少一个核酸序列读长；

其中所述个体的4位HLA等位基因组成包括所述一个或多个额外的HLA等位基因参考序列，所述一个或多个额外的HLA等位基因参考序列具有与来自所述个体的所述至少一个核酸序列读长最接近的匹配。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，核酸序列读长是DNA序列读长。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，通过下一代测序技术获得所述至少一个核酸序列读长。

4.根据权利要求1或3中任一项所述的方法，其中，所述至少一个核酸序列读长少于300个核苷酸。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中，所述至少一个核酸序列读长是多个核酸序列读长。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，所述多重序列比对包括所有已知HLA等位基因参考序列。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中，所述多重序列比对包括可从IMGT/HLA数据库获得的所有已知HLA等位基因参考序列。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中，所述第一组HLA等位基因包括与来自所述个体的所述至少一个核酸序列读长具有至少95％同一性的HLA等位基因。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中，所述一个或多个额外的HLA等位基因参考序列包括与来自所述个体的至少一个核酸序列读长具有至少95％同一性的HLA等位基因。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，还包括生成解集和比较集，其中所述解集包括所述一个或多个额外的HLA等位基因参考序列，所述一个或多个额外的HLA等位基因参考序列基于核心外显子具有与来自所述个体的所述至少一个核酸序列读长最接近的匹配，并且所述比较集包括几乎与所述解集的HLA等位基因参考序列同样良好地执行的HLA等位基因参考序列。

11.根据权利要求10所述的方法，其中，如果所述HLA等位基因参考序列是I类分子，所述核心外显子由外显子2和3组成。

12.根据权利要求10所述的方法，其中，如果所述HLA等位基因参考序列是II类分子，所述核心外显子由外显子2组成。

13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，还包括基于所有共享外显子对所述解集的所述HLA等位基因参考序列中的每个与所述比较集的一个或多个HLA等位基因参考序列进行比较，其中如果来自所述比较集的所述HLA等位基因参考序列中的一个或多个更好地解释来自所述个体的所述核酸序列读长，则用来自所述比较集的HLA等位基因参考序列更新所述解集。

14.根据权利要求13所述的方法，重复多于一次。

15.根据权利要求13所述的方法，重复直至来自所述解集的HLA等位基因参考序列不能被来自所述比较集的HLA等位基因替换为止。