[发明专利]用于从福尔马林固定的石蜡包埋的生物样品中表征抗药性细菌的方法和组合物

权利要求书

1.包含序列如SEQ ID NO.1-10所示的引物的PCR引物对库1、包含序列如SEQ IDNO.11-22所示的引物的PCR引物对库2、包含序列如SEQ ID NO.23-28所示的引物的PCR引物对库3、包含序列如SEQ ID NO.29-32所示的引物的PCR引物对库4、包含序列如SEQ IDNO.33-38所示的引物的PCR引物对库5、和包含序列如SEQ ID NO.39-44所示的引物的PCR引物对库6在制备用于通过包括以下步骤的方法在幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)样品内检测多个抗药性基因中的突变的试剂或试剂盒中的用途：

a)鉴定适合于产生扩增子的PCR引物对，所述扩增子包含含有一个或多个突变的每个基因的区域，

b)将包含一个或多个引物的PCR引物对分离成分开的PCR引物对库，所述一个或多个引物干扰通过另一个PCR引物对的扩增子生成，其中所述分开的PCR引物对库各自包含多个PCR引物对；

c)从每个分开的PCR引物对库和由样品中分离的靶DNA生成扩增子；

d)将从每个分开的PCR引物对库和靶DNA产生的所有扩增子组合成样品扩增子库，将独特的索引序列加入样品扩增子库内的扩增子，以生成加索引的样品扩增子库，任选地还将加索引的样品扩增子库与来自不同样品的一个或多个差异索引的样品扩增子库组合，并且同时测序所有加索引的样品扩增子；和

e)通过参考相应的野生型基因序列，鉴定来自样品的加索引的测序的扩增子内的突变，

其中在步骤c)中从两个PCR反应生成对于至少三种不同类型的抗药性基因具有诊断性的扩增子，并且其中步骤b)中的所述PCR引物对库包含PCR引物对库1-6。

2.根据权利要求1所述的用途，其中所述样品是活组织检查样品。

3.根据权利要求2所述的用途，其中所述活组织检查是胃活组织检查。

4.根据权利要求2所述的用途，其中所述样品包含福尔马林固定的石蜡包埋的活组织检查样品。

5.根据权利要求1所述的用途，其中所述鉴定的突变是幽门螺杆菌23S rRNA基因的A2142G、A2143G和/或A2142C突变。

6.根据权利要求1所述的用途，其中所述鉴定的突变是幽门螺杆菌16S rRNA基因的A928C、AG926-927GT、A926G/A928C和/或AGA926-928TTC突变。

7.根据权利要求1所述的用途，其中所述鉴定的突变是编码DNA促旋酶亚基A的幽门螺杆菌gyrA基因的C261A、C261G、G271A和/或G271T突变。

8.根据权利要求1所述的用途，其中所述鉴定的突变位于编码DNA指导的RNA聚合酶的β/β'亚基的幽门螺杆菌rpoB基因的密码子525和545之间。

9.根据权利要求1所述的用途，其中所述鉴定的突变是编码青霉素结合蛋白1的幽门螺杆菌pbp1基因中的C1242A或C1242G突变。

10.根据权利要求1所述的用途，其中所述鉴定的突变在幽门螺杆菌rdxA基因内。

11.根据权利要求10所述的用途，其中所述鉴定的突变产生由rdxA编码的幽门螺杆菌氧不敏感性(I型)NAPD(P)H硝基还原酶的功能丧失。

12.根据权利要求1所述的用途，其中所述扩增子长度不超过230个碱基对。

13.根据权利要求1所述的用途，其中所述扩增子长度大于130个碱基对。

14.根据权利要求1所述的用途，其中步骤b)中的所述PCR引物对包含干扰通过另一个PCR引物对的扩增子生成的一个或多个引物，通过形成交叉对引物二聚体来干扰。