[发明专利]用于诊断和供免疫疗法中使用的基质基因签名

权利要求书

1.用于测定基质基因签名的存在的试剂制备供一种用于鉴定能展现受益于用免疫疗法和用肿瘤基质纤维化拮抗剂的治疗的具有癌症的个体的方法使用的试剂盒的用途,该方法包含测定来自该个体的样品中基质基因签名的存在,所述签名包含FAP,FN1,MMP2,PDGFRB,和THY1,其中该基质基因签名中的基因的表达水平相对于中值水平的升高鉴定具有抑制性基质的个体,其中来自该个体的样品中基质基因签名的存在指示该个体能展现升高的来自免疫疗法和抑制性基质拮抗剂的临床益处,其中该基质基因签名的中值水平选自由(1)来自参照群体的该基质基因签名的水平；(2)来自对该免疫疗法的完全响应者和/或部分响应者的群体的该基质基因签名的水平；和(3)在第一时间点前的第二时间点来自该个体的该基质基因签名的水平组成的组,其中该抑制性基质拮抗剂是TGFβ,PDPN,LAIR-1,SMAD,ALK,结缔组织生长因子(CTGF/CCN2),内皮-1(ET-1),AP-1,IL-13,PDGF,LOXL2,内皮糖蛋白(CD105),FAP,podoplanin(GP38),VCAM1(CD106),THY1,β1整联蛋白(CD29),PDGFRα(CD140α),PDGFRβ(CD140β),波形蛋白,αSMA(ACTA2),结蛋白,内皮唾液酸蛋白(CD248)或FSP1(S100A4)拮抗剂。

2.权利要求1的用途,其中该升高的临床益处进一步包含下述一项或多项的相对升高:总体存活(OS),无进展存活(PFS),完全响应(CR),部分响应(PR)和其组合。

3.权利要求1或2的用途,其中该癌症选自由非小细胞肺癌,小细胞肺癌,肾细胞癌,结肠直肠癌,卵巢癌,乳腺癌,转移性乳腺癌,三重阴性乳腺癌,黑素瘤,胰腺癌,胃癌,膀胱癌,尿道上皮膀胱癌,食管癌,间皮瘤,黑素瘤,头和颈癌,甲状腺癌,肉瘤,前列腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,胸腺癌,白血病,淋巴瘤,骨髓瘤,蕈样真菌病,梅克尔(Merkel)细胞癌,和其它血液学恶性组成的组。

4.权利要求3的用途,其中该癌症是尿道上皮膀胱癌(UBC)且该基质基因签名进一步包含DKK3,PDGFB,NUAK1,FGF1,PDL1M4或LRRC32中一种或多种。

5.权利要求3的用途,其中该癌症是肾细胞癌(RCC)且该基质基因签名进一步包含LUM和/或POSTN。

6.权利要求3的用途,其中该癌症是三重阴性乳腺癌(TNBC)且该基质基因签名进一步包含MMP11,BGN,或COL5A1中一种或多种。

7.权利要求3的用途,其中该癌症是卵巢癌且该基质基因签名进一步包含POSTN,LOX,或TIMP3中一种或多种。

8.权利要求4-7中任一项的用途,其中该基质基因签名进一步包含TGFβ。

9.权利要求1-8中任一项的用途,其中该样品是肿瘤组织样品。

10.权利要求9的用途,其中该肿瘤组织样品包含肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞和其任何组合。

11.权利要求1-8中任一项的用途,其中该样品是全血。

12.权利要求11的用途,其中该全血包含免疫细胞,循环肿瘤细胞和其任何组合。

13.权利要求1-12中任一项的用途,其中该免疫疗法包含CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,CD40,ICOS,HVEM,NKG2D,MICA,2B4,IL-2,IL-12,IFNγ,IFNα,TNFα,IL-1,CDN,HMGB1,或TLR激动剂。