[发明专利]使用核酸适体用于导向的模板化组装的方法

说明书

本公开提供了核酸适体、与单倍体杂交的核酸适体、使用核酸适体以呈现模板序列的方法，其中所述适体结合至特定的细胞靶所特有的靶分子，用于具有所需功能的分子的核酸模板化组装。

相关申请的交叉引用

本申请要求2016年5月23日提交的美国临时申请序列号62/339,981的优先权，其以引用的方式整体并入本文。

技术领域

本公开部分涉及使用核酸适体以呈现模板序列的方法，其中所述适体结合至特定的细胞靶所特有的靶分子，用于具有所需功能的分子的核酸模板化组装。

背景技术

药物开发的一个目标是将有效的生物治疗性干预递送给病原性细胞，如病毒感染细胞、赘生性细胞、产生自身免疫应答的细胞、及其它失调或功能障碍细胞。能够对抗病原性细胞的有效生物治疗性干预的实例包括毒素、促凋亡剂、以及再导向免疫细胞以消除病原性细胞的免疫治疗方法。令人遗憾地，这些试剂的开发极其困难，因为会对相邻的正常细胞或患者整体健康有高风险的毒性。

出现了一种容许递送有效干预至病原性细胞同时减轻对正常细胞的毒性的方法，该方法通过将治疗剂导向对病原性细胞有特异性的分子标记来实现治疗剂的靶向作用。靶向治疗剂已在有限的病例中显示出卓越的临床结果，但目前由于缺乏用于靶向疗法的可接近的标记而在其适用性上受到限制。发现许多病原性细胞类型的蛋白质标记是极其困难的且常常是不可能的。

近年来，已经开发了靶向对病原性细胞有特异性的核酸靶的疗法。现有的核酸靶向疗法如siRNA能够下调潜在危险基因的表达，但不递送有效的细胞毒性或细胞抑制性干预且因此在消除危险细胞本身方面不是特别有效。因此，需要对抗现有生物治疗性干预的不良功效和/或严重副作用。

找出蛋白质或其它大分子中的近端结合位点不能根据简单的杂交规则进行。配体结合可被视为模拟过程，而不是容易应用的数字码，其中配体与其受体袋享有基于形状的互补性。这种配体介导的模板化的合理设计因此需要详细的三维结构信息。即使蛋白质的晶体结构(被认为是可能的靶模板)是可用的，相互作用的配体的设计在困难中又前进了一步，特别是在这种配体必须在相互之间的严格限制的空间边界内结合时。此外，这种设计还必须考虑结合相关构象变化的可能性(类似于变构效应)，这可无意中破坏空间接近性。

尽管这些警告并不排除出于模板化目的而测试特定的蛋白质选择物，但其突出了在实际的时间框架中在靶异常细胞中发现非核酸模板的困难。

虽然近年来已在关于特定癌症的疗法方面取得了很大进展，但是仍存在大量的治疗剂缺口。这种对更佳治疗的未满足的的需要高度适用于许多肿瘤类型。此外，希望将能够靶向特定的病理或不良细胞的一般疗法扩展到更广泛的治疗领域，包括过敏和自身免疫。

发明内容

一般说来，本公开提供了用于产生针对多种类别的靶分子的适体的方法，其中所述适体提供模板序列以修改用于效应物部分/单倍体(haplomer)的靶分子，以用于供诊断或治疗应用的肽或其它结构的组装。

具体说来，本公开提供了单态核酸适体，其包含折叠成能结合至靶分子的三级结构的第一部分和包含3’或5’末端区的第二部分，其中第二部分与第一单倍体杂交和第二单倍体。第一单倍体包含与单态核酸适体的第二部分杂交的杂交区域、和反应性效应物部分。第二单倍体包含与单态核酸适体的第二部分杂交的杂交区域、和反应性效应物部分。第一单倍体的反应性效应物部分在空间上邻近第二单倍体的反应性效应物部分。