[发明专利]费希尔精确检验计算装置、方法以及记录介质有效
| 申请号： | 201780039241.9 | 申请日： | 2017-06-30 |
| 公开（公告）号： | CN109313664B | 公开（公告）日： | 2023-07-28 |
| 发明（设计）人： | 千田浩司;长谷川聪;滨田浩气;长崎正朗;三泽计治 | 申请（专利权）人： | 日本电信电话株式会社;国立大学法人东北大学 |
| 主分类号： | G06F17/18 | 分类号： | G06F17/18;G16B40/00 |
| 代理公司： | 北京市柳沈律师事务所 11105 | 代理人： | 郑海涛 |
| 地址： | 日本*** | 国省代码： | 暂无信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 希尔 精确 检验 计算 装置 方法 以及 记录 介质 | ||
费希尔精确检验计算装置包括：将合计表的各频数作为输入，存储用于判断与该输入对应的费希尔精确检验的结果是否显著的条件的条件存储单元(1)；以及通过将合计表的频数输入到从条件存储单元(1)读入的条件中，得到与该合计表的频数对应的费希尔精确检验的结果的计算单元(2)。
技术领域
本发明涉及高效地计算费希尔精确检验(Fisher’s exact test)的技术。
背景技术
作为统计学的检验法之一，费希尔精确检验被广为人知。作为费希尔精确检验的应用例子，有全基因组关联分析(GWAS:Genome-Wide Association Study)(例如，参照非专利文献1。)。以下，简单说明费希尔精确检验。
【表1】
X Y 合计 A a b a+b G c d c+d 合计 a+c b+d a+b+c+d(＝n)
该表是将n人的被验者以特征(X或者Y)和确定的等位基因(A或者G)进行分类而计数的2x2的合计表的例子。a,b,c,d表示频数(非负整数)。费希尔精确检验是，对于非负整数i，设为
时，按照
和规定的值的阈值T的大小关系，判定特征和确定的等位基因之间是否存在统计学上显著的关联的检验。有在全基因组关联分析中，对各个单核苷酸多态性(SNP:SingleNucleotide Polymorphism)的每一个构建上述那样的合计表，对各合计表进行费希尔精确检验的情况。在全基因组关联分析中，以数百万数千万这样的庞大的数目的SNP为对象。因此，在全基因组关联分析中可能存在大量进行费希尔精确检验的情形。
另一方面，由于基因组信息的微妙性和机密性，有一边通过加密技术隐匿基因组信息，一边进行全基因组关联分析的先前研究(例如，参照非专利文献2。)。在非专利文献2中，提出一边隐匿基因组信息，一边进行卡方检验的方法。
现有技术文献
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