[发明专利]用于皮肤癌分期和治疗的方法和材料

说明书

本文提供了用于皮肤癌(例如转移性恶性色素沉着性皮肤损伤)的分期和治疗的方法和材料。例如，提供了利用ITLP表达谱和/或包含ITLP表达谱的模型对皮肤癌进行分期和/或确定皮肤癌患者治疗选择的方法和材料。

相关申请的交叉引用

本申请要求2015年5月10日提交的美国专利申请系列号62/334,302的优先权。该在先申请的公开内容被认为是本申请公开的部分(且通过引用纳入本文)。

背景

1.技术领域

本文提供了皮肤癌(例如转移型恶性色素沉着性皮肤损伤)的分期和治疗。例如，本文涉及利用ITLP表达谱和/或包含ITLP表达谱的模型对皮肤癌进行分期和/或确定皮肤癌患者治疗选择的方法和材料。

2.背景信息

恶性皮肤损伤的鉴定通常通过获得皮肤活检样品并在显微镜下进行活检样品的黑色素细胞形态学评估进行。该过程难以标准化且会导致对黑色素瘤的过高评估(overcalling)。

一旦通过形态学评估诊断为黑色素瘤，通常通过恶性细胞侵袭入皮肤的深度(即Breslow深度)来确定转移的风险。该Breslow深度可指示进一步的诊断检测(work-up)，如需要进行有创前哨淋巴结(SLN)操作。然而，这些操作可导致色素沉着性创伤真正恶性潜能的不准确测定。

发明内容

本文提供了用于皮肤癌(例如转移性恶性色素沉着性皮肤损伤)的分期和治疗的方法和材料。例如，本文涉及利用ITLP表达谱和/或包含ITLP表达谱的模型对皮肤癌进行分期的方法和材料。

如本文所述，可测定哺乳动物(例如患有皮肤癌如黑色素瘤的人)皮肤癌细胞的ITGB3、TP53、LAMB1和PLAT表达水平(例如RNA拷贝数)，并用其将皮肤癌分类为ITLP阴性或ITLP阳性。在一些情况中，如果具体皮肤癌中的表达水平使得RNA拷贝数为ITGB小于等于10、TP53大于50并且LAMB1不大于且PLAT不大于427，则将该皮肤癌(例如黑色素瘤)分类为ITLP阴性。如果皮肤癌中的表达水平使得RNA拷贝数不满足那些条件(即不满足：ITGB小于等于10、TP53大于50并且LAMB1不大于且PLAT不大于427)，则将该皮肤癌分类为ITLP阳性。

可采用皮肤活检样品(例如石蜡包埋的组织活检物)进行定量PCR以获得一种或多种标志物基因(例如ITGB3、TP53、LAMB1和PLAT)的表达数据(例如基因拷贝数)。可用校正方案减少基底角质形成细胞污染对来自测试样品的表达数据分析的影响。例如，可测定并从总基因表达值中去除来自测试皮肤样品内存在的基底角质形成细胞的基因表达贡献(contribution)，以确定由非基底角质形成细胞的其他细胞(例如黑色素细胞)表达的具体基因的最终基因表达值。对于一组标志物基因最终基因表达值的评估(包括(如果有的话)基底角质形成细胞的最小贡献)可用于确定ITLP表达谱的阳性或阴性状态。

本文还描述了可基于皮肤癌的ITLP阳性对已用现有分期系统(如美国联合癌症委员会(AJCC)的肿瘤-淋巴结-转移(TNM)分期系统，参加例如Edge等，Ann.Surg.Oncol.,17(6):1471-4(2010))分期的皮肤癌(例如黑色素瘤)进行再分期。例如，如果采用TNM分期系统分期为I期皮肤癌的皮肤癌(例如黑色素瘤)被确定为ITLP阳性，则可将其再分期为II期皮肤癌。在此类情况下，患有采用TNM分期系统分期为I期皮肤癌的皮肤癌(例如黑色素瘤)但为本文所述ITLP阳性的哺乳动物(例如人)可用通常用于患有TNM分期系统分期为II期皮肤癌的对象的类似治疗方式进行治疗。例如，可对患有采用TNM分期系统分期为I期皮肤癌且ITLP为阳性的哺乳动物(例如人)进行前哨淋巴结活检操作。