[发明专利]用于使用基因表达谱诊断肺癌的组合物和方法

说明书

提供了用于通过使用来自受试者的血液的10种或更多种选定基因，例如基因表达谱来诊断哺乳动物受试者的肺癌的方法和组合物，所述基因表达谱为疾病所特有。所述基因表达谱包括本文表I或表II的10种或更多种基因。

关于联邦政府资助的研究或开发的声明

本发明是根据美国国立卫生研究院授予的批准号CA010815在政府支持下进行。政府拥有本发明的某些权利。

发明背景

肺癌是全球最常见的癌症死亡原因。在美国，肺癌是男性和女性中第二大流行的癌症，并且每年将有超过174,000例新病例和超过162,000例癌症死亡。事实上，肺癌每年造成的死亡人数多于乳腺癌、前列腺癌和结肠直肠癌的总和。

在过去30年中几乎没有或没有改善的高死亡率(五年内80％-85％)强调以下事实：需要在转移至局部淋巴结或肺以外之前有助于早期诊断的新的且有效的工具。

高风险群体包括吸烟者、曾吸烟者和具有与遗传易感性相关的标志物的个体。由于手术切除早期肿瘤仍然是最有效的肺癌治疗，因此在使用低剂量螺旋CT(LDCT)筛查高风险患者方面存在极大兴趣。这种策略鉴别大约30％-70％的高风险个体中的非钙化肺结节，但仅有一小部分检测出的结节最终被诊断为肺癌(0.4％至2.7％)。目前，用于区分具有良性病因的肺结节的受试者与具有恶性结节的受试者的唯一方法是侵入性活检、外科手术或通过重复扫描的长时间观察。即使使用最佳临床算法，20％-55％的被选择进行不确定肺结节的外科肺活检的患者被发现患有良性疾病，并且未进行立即活检或切除的那些患者需要连续成像研究。在这组患者中使用系列CT存在延迟潜在可治愈疗法、以及重复扫描的成本、不可忽略的辐射剂量以及患者的焦虑的风险。

理想地，诊断测试将易于获取、廉价、展现高灵敏度和特异性并且产生改善的患者结果(医学上和经济上)。其他人已经表明利用上皮细胞的分类器具有高准确度。然而，收获这些细胞需要侵入性支气管镜检查。参见，Silvestri等人,N Engl J Med.2015年7月16日；373(3):243–251，其以引用的方式并入本文。

正在努力开发非侵入性诊断，所述非侵入性诊断使用痰、血液或血清并针对肿瘤细胞的产物、甲基化肿瘤DNA、单核苷酸多态性(SNP)表达的信使RNA或蛋白质进行分析。已经在文献中论述了这种广泛系列的分子测试，所述分子测试具有用于肺癌的早期诊断的潜在效用。虽然这些方法中的每一种都具有其自身的优点，但是没有一种通过了致力于检测患有早期肺癌的患者的探索阶段，即使在高风险组或者基于放射学和其他临床因素具有初步诊断的患者中。简单的血液测试(与常规临床诊所就诊相关的常规事件)将是理想的诊断测试。

发明内容

在一方面，一种用于诊断或评价哺乳动物受试者的肺癌的组合物或试剂盒包含十(10)种或更多种多核苷酸或寡核苷酸，其中每种多核苷酸或寡核苷酸与患者样品中的不同基因、基因片段、基因转录物或表达产物杂交。每种基因、基因片段、基因转录物或表达产物是选自表I或表II的基因。在一个实施方案中，至少一种多核苷酸或寡核苷酸与可检测标记连接。在一个实施方案中，所述组合物或试剂盒包含多核苷酸或寡核苷酸，所述多核苷酸或寡核苷酸检测表I中的559种基因中的每一种的基因、基因片段、基因转录物或表达产物。在另一个实施方案中，所述组合物或试剂盒包含多核苷酸或寡核苷酸，所述多核苷酸或寡核苷酸检测表II中的100种基因中的每一种的基因、基因片段、基因转录物或表达产物。

在另一方面，一种用于诊断或评价哺乳动物受试者的肺癌的组合物或试剂盒包含十(10)种或更多种配体，其中每种配体与患者样品中的不同基因表达产物杂交。每种基因表达产物是选自表I或表II的基因。在一个实施方案中，至少一种配体与可检测标记连接。在一个实施方案中，所述组合物或试剂盒包含配体，所述配体检测表I中的559种基因中的每一种的表达产物。在另一个实施方案中，所述组合物或试剂盒包含配体，所述配体检测表II中的100种基因中的每一种的表达产物。