[发明专利]用于疾病和病症分析的无细胞DNA甲基化模式

权利要求书

1.一种表征来自对象的无细胞DNA(cfDNA)样品的方法，其包括：

接收来自对象的cfDNA样品的多个测序读取，其中每个测序读取包括从50个或多于50个核酸的连续核酸序列获得的甲基化测序数据；

基于多个测序读取计算甲基化模式，其中甲基化模式包括对应于连续核酸序列的基因组区域和所述基因组区域中一个或多于一个基序的甲基化状态；

将甲基化模式与一个或多于一个预先建立的甲基化特征中的每一个进行比较以计算一个或多于一个似然得分，其中一个或多于一个预先建立的甲基化特征中的每一个与生物组成相关，并且其中每个预先建立的甲基化特征包括至少一个预先确定的特征区域以及与其相关的预先确定的甲基化率；和

如果一个或多于一个似然得分中的至少一个超过阈值，则将测序读取表征为包含生物组成。

2.根据权利要求1所述的方法，其还包括：

针对多个测序读取的每一个，重复计算、比较和表征步骤。

3.根据权利要求1所述的方法，其还包括：

基于现有的甲基化测序数据，建立所述一个或多于一个预先建立的甲基化特征。

4.根据权利要求2所述的方法，其中还包括：

基于多个测序读取中含有生物组成的测序读取的数目，确定cfDNA样品中的生物组成的水平。

5.根据权利要求3所述的方法，其中现有的甲基化测序数据选自组织特异性测序数据、疾病特异性测序数据、个体测序数据、群体测序数据及其组合。

6.根据权利要求1所述的方法，其中cfDNA样品由来自对象的血浆或血液样品制备。

7.根据权利要求1所述的方法，其中生物组成选自患病组织、癌组织、来自特定器官的组织、肝组织、肺组织、肾组织、结肠组织、T细胞、B细胞、嗜中性粒细胞、小肠组织、胰腺组织、肾上腺组织、食管组织、脂肪组织、心脏组织、脑组织、胎盘组织及其组合。

8.根据权利要求7所述的方法，其中癌组织选自肝癌组织、肺癌组织、肾癌组织、结肠癌组织、胰腺癌组织、脑癌组织及其组合。

9.根据权利要求1所述的方法，其中在箱水平确定甲基化状态和预先确定的甲基化状态。

10.根据权利要求1所述的方法，其中在CpG位点水平确定甲基化状态和预先确定的甲基化状态。

11.根据权利要求1所述的方法，其中一个或多于一个基序是CpG位点。

12.根据权利要求4所述的方法，其还包括：

将对象的cfDNA的生物组成水平与已知癌症患者中cfDNA的生物组成水平进行比较。

13.根据权利要求4所述的方法，其还包括：

将对象的cfDNA的生物组成水平与正常对象中cfDNA的生物组成水平进行比较。