[发明专利]用于无细胞核酸的多分辨率分析的方法

权利要求书

1.一种用于富集多个基因组区域的方法，所述方法包括：

(a)使来自样品的预定量的核酸与引诱物混合物接触，所述引诱物混合物包含：

(i)第一引诱物集合，所述第一引诱物集合与来自所述样品的所述核酸的第一组基因组区域选择性杂交，所述第一引诱物集合以低于所述第一引诱物集合的饱和点的第一浓度提供；以及

(ii)第二引诱物集合，所述第二引诱物集合与来自所述样品的所述核酸的第二组基因组区域选择性杂交，所述第二引诱物集合以处于或高于所述第二引诱物集合的饱和点的第二浓度提供；以及

(b)富集来自所述样品的所述核酸的所述第一组基因组区域和所述第二组基因组区域，从而产生富集的核酸。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第二引诱物集合具有大于当所述第二引诱物集合的引诱物经受由以下产生的滴定曲线时与所述第二引诱物集合中的引诱物相关的基本所有饱和点的饱和点：

(i)将所述第二引诱物集合的引诱物的捕获效率测量为所述引诱物浓度的函数，以及

(ii)鉴定所述滴定曲线中的拐点，从而鉴定与所述引诱物相关的饱和点。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，选择所述第一引诱物集合的饱和点，以使得在为所述第一浓度的两倍的所述引诱物的浓度观察到的捕获效率提高小于10％。

4.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第一引诱物集合或所述第二引诱物集合选择性富集基因组的一个或更多个核小体相关区域，所述核小体相关区域包括具有一个或更多个具有差异核小体占位的基因组碱基位置的基因组区域，其中所述差异核小体占位是细胞或组织类型起源或疾病状态特征性的。

5.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括：

(c)对所述富集的核酸进行测序以产生多于一个序列读段。

6.根据权利要求5所述的方法，所述方法还包括：

(d)产生包含代表来自所述样品的所述核酸的核酸序列的输出。

7.一种用于产生引诱物集合的方法，所述方法包括：

(a)鉴定一个或更多个预定骨架基因组区域，其中鉴定一个或更多个骨架基因组区域包括使与所述骨架基因组区域的每一个相关的测序负荷和效用的排序函数最大化；

(b)鉴定一个或更多个预定热点基因组区域，其中使用以下的一个或更多个来选择所述一个或更多个热点：

(i)使与所述热点基因组区域的每一个相关的测序负荷和效用的排序函数最大化，

(ii)跨越所述一个或更多个预定基因组区域的核小体特征分析，

(iii)跨越相关患者群组的预定癌症驱动物突变或患病率，以及

(iv)根据经验鉴定的癌症驱动物突变；

(c)创建选择性捕获所述预定骨架基因组区域的第一引诱物集合；以及

(d)创建选择性捕获所述预定热点基因组区域的第二引诱物集合，其中所述第二引诱物集合具有比所述第一引诱物集合更高的捕获效率。

8.根据权利要求7所述的方法，其中，鉴定一个或更多个预定热点包括使用编程计算机处理器，基于与所述热点基因组区域的每一个相关的测序负荷和效用的排序函数，对一组热点基因组区域进行排序。

9.根据权利要求7所述的方法，其中，鉴定一个或更多个预定骨架基因组区域包括：

(i)基于与所述预定骨架基因组区域的每一个相关的测序负荷和效用的排序函数，对一组骨架基因组区域进行排序；

(ii)利用一组根据经验确定的次等位基因频率(MAF)值或者通过其MAF测量的与样品中的最高假定驱动物或克隆突变有关的变体的克隆性；或者

(iii)(i)和(ii)的组合。