[发明专利]包含细菌菌株的组合物

说明书

提供包含布劳特氏菌属的细菌菌株的组合物，其用于增加受试者的微生物群多样性和/或诱导微生物群稳定性的方法。

技术领域

本发明涉及包含从哺乳动物消化道分离的细菌菌株的组合物以及此类组合物在治疗疾病中的用途的领域。

背景技术

人类肠道被认为在子宫中是无菌的，但是在出生之后它立即暴露于各种各样的母体和环境微生物。然后，发生动态时间段的微生物定殖和繁衍，这被诸如以下的因素影响：分娩方式、环境、饮食和宿主基因型，全部这些都影响肠道微生物群的组成，在早期生命期间尤其如此。随后，微生物群稳定化并且变得成熟[1]。人类肠道微生物群含有多于1500种不同的种系型，其中两种主要的细菌分类(门)在丰度水平上占据主导地位：拟杆菌门和厚壁菌门[2]。由人类肠道的细菌定殖产生的成功的共生关系已产生各种各样的代谢、结构、保护性和其他有益的功能。所定殖的肠道的增强的代谢活动确保以其他方式难以消化的膳食组分随着副产物的释放而被降解，从而为宿主提供重要的营养物质来源和另外的健康益处。相似地，肠道微生物群的免疫学重要性被充分地认知并且在无菌动物中例示，所述无菌动物具有在引入共生细菌之后在功能上重构的受损免疫系统[3-5]。

微生物群组成的动态变化已在肠胃病症诸如炎性肠病(IBD)中有所记载。例如，梭菌(Clostridium)集群XIVa细菌的水平在IBD受试者中降低，而大肠杆菌(E.coli)的数量增加，从而表明肠道内共生生物和病原生物平衡的变化[6-9，18]。

在认识到某些细菌菌株对于动物肠道可能具有的潜在积极作用之后，已提出各种菌株用于治疗各种疾病(参见，例如[10-13])。已提出多种菌株(主要包括乳杆菌属(Lactobacillus)和双歧杆菌属 (Bifidobacterium)菌株)用于治疗各种肠病(针对综述参见[14]，并且参见[15])。参考文献[16]提出使用布劳特氏菌属(genus Blautia)的菌株用于调节消化生态系统的微生物平衡。在参考文献16的上下文中，调节是指促进产乙酸细菌菌群对于产甲烷和硫还原细菌的损害的活性。因此，此文献仅教导产乙酸细菌的增加。没有涉及属于多种分类群的菌种多样性的讨论。参考文献[17]讨论使用布劳特氏菌用于提高受移植物抗宿主疾病(GVDH)影响的患者的存活率。它提到增加的细菌多样性与降低的GVDH相关死亡率相关联，并且布劳特氏菌属的增加的细菌量与减少的GVDH相关联。然而，并不表明向患者施用布劳特氏菌实现微生物群多样性的增加和/或诱导受试者中微生物群的稳定性。

不同细菌菌株与不同疾病之间的关系以及特定细菌菌株对于肠道和在系统性水平下以及对于任何特定类型的疾病的准确作用并未被良好地表征，并且目前结果是可变的并且相比于提供答案，更多地产生问题[18]。

与微生物群改变相关的许多人类疾病的特点是微生物群多样性的损失。如从所谓的菌群失调(与健康受试者中的典型聚集微生物群相比，这仅是改变的微生物群组成)明显看出，微生物群多样性的损失可通过样品中基于序列的细菌分类或操作分类单元(OTU)的数量的可测量的减少来定量，通常通过16S rRNA扩增子测序法来确定。多样性的损失还通过香农多样性指数(Shannon Diversity Index)或 Chao指数(Chao index)的降低来测量。降低的微生物群多样性在肥胖症、炎性肠病(IBD)、肠易激综合症(IBS)、2型糖尿病和体弱的老年人的最新研究中有所报告[20]。重新建立健康微生物群可能是困难的，因为肠道中的细菌抗拒定殖。当试图通过增加微生物群的多样性来处理非健康受试者的微生物群时，这会产生挑战[19]。微生物代谢功能的伴随性丧失被认为是这些病理生理学症状的促成因素。相比于其中微生物群稳定的健康成年人，非健康受试者诸如患有IBD、IBS的那些和体弱老年受试者的微生物群是不稳定的[18，20]。

需要对肠道细菌的潜在作用进行表征，使得可开发使用肠道细菌的新疗法。

发明内容